More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2238 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  77.94 
 
 		 539 aa  871    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 538 aa  1109    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  74.77 
 
 		 546 aa  846    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  55.76 
 
 		 567 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  55.68 
 
 		 539 aa  605  9.999999999999999e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  56.66 
 
 		 542 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 		 546 aa  578  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 		 546 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  54.12 
 
 		 543 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  53.04 
 
 		 553 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  52.38 
 
 		 545 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  52.71 
 
 		 539 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  50.64 
 
 		 548 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  51.31 
 
 		 538 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  51.39 
 
 		 546 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  51.31 
 
 		 538 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  52.04 
 
 		 546 aa  542  1e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  50.54 
 
 		 557 aa  541  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  51.02 
 
 		 546 aa  538  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 		 529 aa  529  1e-149  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  53.14 
 
 		 539 aa  522  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  50.75 
 
 		 542 aa  508  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 542 aa  498  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  48.05 
 
 		 547 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  46.53 
 
 		 541 aa  474  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  46.53 
 
 		 541 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  46.53 
 
 		 541 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  46.82 
 
 		 541 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  46.17 
 
 		 551 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  45.98 
 
 		 551 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  41.53 
 
 		 546 aa  420  1e-116  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  37.01 
 
 		 523 aa  327  3e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  36.08 
 
 		 528 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  36.42 
 
 		 519 aa  307  3e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  36.59 
 
 		 527 aa  307  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  35.42 
 
 		 525 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  36.84 
 
 		 549 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 549 aa  294  3e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  35.74 
 
 		 528 aa  293  6e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  37.84 
 
 		 554 aa  291  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  36.2 
 
 		 521 aa  288  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  36.71 
 
 		 530 aa  279  8e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 		 537 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  35.22 
 
 		 532 aa  278  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  35.73 
 
 		 553 aa  278  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  36.07 
 
 		 533 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  36.71 
 
 		 530 aa  276  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 571 aa  276  8e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  34.94 
 
 		 535 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  36.61 
 
 		 517 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 506 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  35.73 
 
 		 515 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  35.83 
 
 		 531 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  34.96 
 
 		 503 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  35.9 
 
 		 527 aa  270  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  34.82 
 
 		 550 aa  269  8.999999999999999e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  35.8 
 
 		 519 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 552 aa  268  2e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  35.91 
 
 		 513 aa  268  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 537 aa  267  4e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  33.4 
 
 		 586 aa  266  7e-70  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  36.27 
 
 		 526 aa  266  8.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  35.33 
 
 		 518 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 555 aa  260  3e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  34.93 
 
 		 524 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  35.21 
 
 		 531 aa  256  7e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  35.92 
 
 		 501 aa  254  3e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 552 aa  253  8.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 552 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 566 aa  251  3e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  35 
 
 		 518 aa  251  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  34.55 
 
 		 524 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  33.84 
 
 		 524 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 567 aa  248  2e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  33.73 
 
 		 532 aa  246  6e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  31.48 
 
 		 541 aa  246  9e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 528 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 548 aa  245  1.9999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 609 aa  244  3.9999999999999997e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  32.35 
 
 		 521 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  32.81 
 
 		 520 aa  243  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 551 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 530 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  31.16 
 
 		 627 aa  241  2e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  33.4 
 
 		 522 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  33.2 
 
 		 528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 616 aa  240  4e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 559 aa  239  8e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  33.01 
 
 		 528 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  33.07 
 
 		 528 aa  239  1e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  32.87 
 
 		 522 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 492 aa  239  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 552 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  32.68 
 
 		 528 aa  237  4e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  32.88 
 
 		 528 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 539 aa  236  8e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 539 aa  236  8e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>