More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4656 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  81.75 
 
 		 506 aa  859    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 517 aa  1058    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  93.42 
 
 		 518 aa  997    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  54.83 
 
 		 539 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  58.94 
 
 		 503 aa  572  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  54.33 
 
 		 521 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  57.4 
 
 		 528 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  56.92 
 
 		 528 aa  557  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  54.65 
 
 		 520 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  54.51 
 
 		 549 aa  547  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  55.1 
 
 		 553 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  53.74 
 
 		 521 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  52.85 
 
 		 519 aa  516  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  54.01 
 
 		 518 aa  511  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  53.79 
 
 		 524 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  52.23 
 
 		 515 aa  507  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  52.62 
 
 		 524 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  53.82 
 
 		 531 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  53.01 
 
 		 524 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  52.53 
 
 		 527 aa  500  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  53.52 
 
 		 532 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  52.24 
 
 		 526 aa  498  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  49.9 
 
 		 523 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  51.07 
 
 		 533 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  49.8 
 
 		 519 aa  491  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  51.27 
 
 		 531 aa  490  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  53.73 
 
 		 530 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  52.63 
 
 		 530 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  48.54 
 
 		 525 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  50.39 
 
 		 532 aa  476  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  47.83 
 
 		 527 aa  450  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  47.59 
 
 		 550 aa  423  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  42.24 
 
 		 513 aa  360  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  41.63 
 
 		 501 aa  350  5e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40.97 
 
 		 537 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  40.7 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  37.62 
 
 		 541 aa  333  6e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  39.33 
 
 		 503 aa  326  6e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  37.13 
 
 		 535 aa  306  6e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  36.27 
 
 		 567 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 546 aa  286  5e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  35.43 
 
 		 542 aa  286  9e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 548 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  38.26 
 
 		 505 aa  281  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  35.96 
 
 		 539 aa  278  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 553 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  35.43 
 
 		 547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 546 aa  274  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 543 aa  273  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 542 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 557 aa  272  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 546 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 538 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 538 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 539 aa  265  2e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 542 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  34.34 
 
 		 517 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 539 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 552 aa  260  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 546 aa  259  8e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 529 aa  259  9e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 556 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  34.65 
 
 		 517 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 546 aa  257  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 539 aa  257  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 552 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 538 aa  256  8e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 530 aa  254  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  35.67 
 
 		 541 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  36.38 
 
 		 522 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.7 
 
 		 541 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  36.02 
 
 		 546 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 545 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.55 
 
 		 541 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  35.55 
 
 		 541 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  33.33 
 
 		 522 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 528 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 528 aa  243  5e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 537 aa  243  5e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 549 aa  243  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  33.14 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  33.47 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 522 aa  242  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 528 aa  242  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 		 528 aa  241  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 528 aa  242  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  33.14 
 
 		 528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 530 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 546 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 576 aa  239  1e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 551 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 551 aa  237  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 		 514 aa  237  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 500 aa  233  9e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 514 aa  230  4e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 		 499 aa  230  5e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.43 
 
 		 510 aa  229  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 501 aa  228  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 492 aa  227  5.0000000000000005e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>