More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0878 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  93.42 
 
 		 517 aa  997    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 518 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  81.15 
 
 		 506 aa  852    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  55.42 
 
 		 539 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  58.19 
 
 		 528 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  54.13 
 
 		 521 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  58.66 
 
 		 503 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  54.85 
 
 		 520 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  56.1 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  55.34 
 
 		 549 aa  548  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  55.49 
 
 		 553 aa  542  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  53.65 
 
 		 521 aa  532  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  53.05 
 
 		 519 aa  518  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  52.61 
 
 		 524 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  52.82 
 
 		 515 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  52.75 
 
 		 518 aa  506  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  53.89 
 
 		 532 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  54.31 
 
 		 531 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  52.36 
 
 		 527 aa  500  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  52.12 
 
 		 524 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  52.62 
 
 		 526 aa  500  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  52.42 
 
 		 524 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  54.39 
 
 		 530 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  51.08 
 
 		 523 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  51.66 
 
 		 531 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  50.1 
 
 		 519 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  53.53 
 
 		 530 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  51.07 
 
 		 533 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  50.58 
 
 		 532 aa  480  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  47.47 
 
 		 525 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  47.43 
 
 		 527 aa  444  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  47.67 
 
 		 550 aa  420  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  42.04 
 
 		 513 aa  355  8.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  41.63 
 
 		 501 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  41.49 
 
 		 554 aa  343  5e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 537 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  38.31 
 
 		 503 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  36.48 
 
 		 541 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  38.01 
 
 		 535 aa  306  5.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 546 aa  290  4e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  34.97 
 
 		 542 aa  282  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  36.17 
 
 		 567 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  38.17 
 
 		 505 aa  280  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 557 aa  277  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  35.11 
 
 		 547 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 548 aa  273  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 543 aa  269  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 546 aa  269  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 553 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 542 aa  266  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 542 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 538 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 538 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  33.92 
 
 		 539 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 546 aa  260  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  33.4 
 
 		 517 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 556 aa  260  5.0000000000000005e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  34.23 
 
 		 517 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 539 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 546 aa  259  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 552 aa  254  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 539 aa  253  9.000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 529 aa  252  9.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 549 aa  251  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 546 aa  250  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  35.07 
 
 		 546 aa  248  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 538 aa  247  3e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 530 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 539 aa  245  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  38.3 
 
 		 522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 528 aa  243  9e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  33.01 
 
 		 522 aa  242  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 545 aa  242  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 546 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  34.67 
 
 		 541 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  32.82 
 
 		 528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  33.01 
 
 		 528 aa  240  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  33.01 
 
 		 528 aa  240  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  32.82 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  32.82 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  33.13 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  32.82 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  32.82 
 
 		 528 aa  238  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 514 aa  238  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  35 
 
 		 541 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 530 aa  236  7e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 528 aa  236  9e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  34.62 
 
 		 541 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  34.81 
 
 		 541 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 551 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 551 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 576 aa  233  5e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 499 aa  232  1e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.89 
 
 		 514 aa  229  8e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 521 aa  229  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 537 aa  228  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 501 aa  228  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 512 aa  226  8e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  33.05 
 
 		 500 aa  225  1e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>