More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0216 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  70.71 
 
 		 518 aa  714    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  85.07 
 
 		 531 aa  935    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  63.21 
 
 		 530 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  73.41 
 
 		 527 aa  809    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  75.86 
 
 		 524 aa  831    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  70.57 
 
 		 515 aa  723    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  67.72 
 
 		 519 aa  705    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 532 aa  1093    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  75.15 
 
 		 524 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  76.35 
 
 		 526 aa  830    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  62.6 
 
 		 530 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  61.88 
 
 		 531 aa  636    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  75.34 
 
 		 524 aa  826    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  62.5 
 
 		 532 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  77.63 
 
 		 533 aa  863    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  60.65 
 
 		 549 aa  621  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  60.78 
 
 		 553 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  56.62 
 
 		 528 aa  555  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  55.39 
 
 		 528 aa  524  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  53.4 
 
 		 506 aa  498  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  51.07 
 
 		 521 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  50.58 
 
 		 518 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  50.39 
 
 		 517 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  49.2 
 
 		 503 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  46.76 
 
 		 539 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  46.12 
 
 		 527 aa  435  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  46.53 
 
 		 521 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  45.9 
 
 		 550 aa  420  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  44.95 
 
 		 519 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  44.55 
 
 		 520 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  44.47 
 
 		 523 aa  415  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  41.8 
 
 		 525 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  39.41 
 
 		 535 aa  343  2.9999999999999997e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  39.76 
 
 		 554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 		 537 aa  336  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  39.34 
 
 		 513 aa  335  9e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  36.01 
 
 		 541 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  40.84 
 
 		 501 aa  323  4e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  38.67 
 
 		 503 aa  306  7e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 546 aa  288  1e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 557 aa  273  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 542 aa  273  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  36.72 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  35.8 
 
 		 567 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  36.87 
 
 		 547 aa  269  8e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 545 aa  269  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 539 aa  266  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 546 aa  263  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 514 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 543 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 542 aa  259  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  34.3 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 546 aa  252  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 546 aa  249  8e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  35.64 
 
 		 539 aa  248  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 553 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 548 aa  246  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 512 aa  244  3e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 530 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 546 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 546 aa  243  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  34.96 
 
 		 546 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 529 aa  238  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  33.89 
 
 		 541 aa  239  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 539 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1328  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 539 aa  236  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.555965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 521 aa  236  8e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 530 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  30.11 
 
 		 528 aa  232  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 538 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.4 
 
 		 510 aa  231  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 538 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  29.87 
 
 		 528 aa  231  3e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2033  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.67 
 
 		 541 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.951217  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.93 
 
 		 514 aa  231  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 537 aa  231  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  34.15 
 
 		 522 aa  230  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  29.55 
 
 		 528 aa  230  5e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  29.55 
 
 		 522 aa  229  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  29.55 
 
 		 528 aa  229  9e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  29.55 
 
 		 528 aa  229  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.01 
 
 		 510 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.01 
 
 		 510 aa  229  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 556 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  29.55 
 
 		 522 aa  229  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 538 aa  229  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  29.55 
 
 		 528 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 552 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 551 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 551 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.01 
 
 		 510 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 528 aa  228  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0653  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 541 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 490 aa  227  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0744  2-aminobenzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 541 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.01 
 
 		 510 aa  226  8e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.81 
 
 		 510 aa  226  9e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.81 
 
 		 510 aa  226  9e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.81 
 
 		 510 aa  226  9e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.81 
 
 		 510 aa  226  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>