More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0736 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  100 
 
 		 539 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  81.4 
 
 		 521 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  82.17 
 
 		 520 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  55.42 
 
 		 518 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  54.83 
 
 		 517 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  54.09 
 
 		 506 aa  547  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  50.49 
 
 		 521 aa  498  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  51.08 
 
 		 503 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  50.1 
 
 		 528 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  49.61 
 
 		 528 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  46.99 
 
 		 549 aa  460  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  47.69 
 
 		 553 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2143  benzoate-CoA ligase family  46.17 
 
 		 523 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  46.14 
 
 		 527 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  47.01 
 
 		 531 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  46.08 
 
 		 519 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  47.8 
 
 		 532 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2825  benzoate-CoA ligase family  44.79 
 
 		 519 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.861381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  46.64 
 
 		 531 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  46.36 
 
 		 526 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  46.68 
 
 		 533 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  46.76 
 
 		 532 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  47.16 
 
 		 524 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  46.59 
 
 		 524 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  46.44 
 
 		 518 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  47.13 
 
 		 530 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  47.82 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  46.71 
 
 		 515 aa  428  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  46.02 
 
 		 524 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  40.89 
 
 		 525 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  41.81 
 
 		 527 aa  392  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  43.6 
 
 		 550 aa  374  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  40.62 
 
 		 554 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6948  benzoate-CoA ligase family  38.8 
 
 		 535 aa  334  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.810151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  38.78 
 
 		 501 aa  317  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 		 537 aa  316  5e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  38.86 
 
 		 513 aa  308  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5092  benzoate-CoA ligase family  33.33 
 
 		 541 aa  304  3.0000000000000004e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.606355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  36.1 
 
 		 503 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  35.92 
 
 		 505 aa  279  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  33.27 
 
 		 567 aa  250  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4402  coenzyme A ligase  32.38 
 
 		 517 aa  248  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  35.11 
 
 		 522 aa  247  4.9999999999999997e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51430  coenzyme A ligase  31.98 
 
 		 517 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261985 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 546 aa  236  6e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4971  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 556 aa  234  3e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  30.99 
 
 		 542 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 514 aa  231  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 543 aa  230  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  31.1 
 
 		 539 aa  230  5e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 		 542 aa  228  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 546 aa  222  9.999999999999999e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  31.94 
 
 		 547 aa  221  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 546 aa  220  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  30.78 
 
 		 539 aa  220  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 557 aa  219  7.999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 529 aa  218  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 530 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 542 aa  217  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 538 aa  216  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.576533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 530 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 539 aa  213  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.32 
 
 		 510 aa  210  6e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.91 
 
 		 510 aa  209  1e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.1 
 
 		 510 aa  209  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 553 aa  209  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3949  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 		 538 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 		 538 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.464293 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.52 
 
 		 510 aa  208  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.32 
 
 		 510 aa  208  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.91 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.91 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.91 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.32 
 
 		 510 aa  207  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.07 
 
 		 510 aa  206  6e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 548 aa  206  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 512 aa  201  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 		 545 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 537 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  27.87 
 
 		 528 aa  200  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.87 
 
 		 528 aa  200  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.87 
 
 		 528 aa  200  5e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  27.46 
 
 		 528 aa  200  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  27.87 
 
 		 528 aa  200  6e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  27.87 
 
 		 522 aa  200  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 549 aa  199  7e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 555 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 591 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 546 aa  199  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  27.66 
 
 		 522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 555 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 521 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1935  acetyl-CoA synthetase, putative  30.77 
 
 		 541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 		 514 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 		 528 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 510 aa  197  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  31.55 
 
 		 512 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 557 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 522 aa  197  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>