More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3087 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 526 aa  1068    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0875  AMP-dependent synthetase and ligase  64.6 
 
 		 517 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  63.15 
 
 		 513 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  64.09 
 
 		 513 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0346  AMP-dependent synthetase and ligase  62.48 
 
 		 510 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913385  normal  0.868784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0425  AMP-dependent synthetase and ligase  61.23 
 
 		 512 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0391  AMP-dependent synthetase and ligase  62.95 
 
 		 510 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.552309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3244  AMP-dependent synthetase and ligase  53.89 
 
 		 506 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1346  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 502 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1556  putative ATP-dependent AMP-binding enzyme  45.98 
 
 		 519 aa  365  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.493299  normal  0.349479 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0953  AMP-dependent synthetase and ligase  42.63 
 
 		 487 aa  359  7e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386047  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2315  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 		 478 aa  317  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 530 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 537 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 530 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  34.64 
 
 		 527 aa  241  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 528 aa  240  4e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  31.39 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  33.4 
 
 		 531 aa  238  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  30.98 
 
 		 528 aa  238  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.6 
 
 		 528 aa  236  6e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 551 aa  236  7e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.39 
 
 		 528 aa  236  8e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  31.39 
 
 		 528 aa  236  9e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  31.39 
 
 		 528 aa  236  9e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  31.39 
 
 		 522 aa  236  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 528 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  31.19 
 
 		 528 aa  236  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  31.39 
 
 		 522 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 560 aa  234  4.0000000000000004e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 548 aa  231  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  33.08 
 
 		 526 aa  230  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4434  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 562 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.51276 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4898  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 562 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  34.14 
 
 		 549 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0860  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 541 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184863  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  30.19 
 
 		 586 aa  223  8e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  32.26 
 
 		 524 aa  223  8e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  34.48 
 
 		 519 aa  223  9e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  31.87 
 
 		 524 aa  223  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  31.87 
 
 		 524 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 		 571 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 		 549 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 567 aa  221  3e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 519 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 		 539 aa  219  7.999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 		 539 aa  219  7.999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  32.78 
 
 		 527 aa  219  7.999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 528 aa  219  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 609 aa  219  1e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 529 aa  217  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  31.44 
 
 		 532 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.94 
 
 		 514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  29.42 
 
 		 571 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 616 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 544 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  35.44 
 
 		 517 aa  213  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  31.36 
 
 		 533 aa  212  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 557 aa  212  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  29.75 
 
 		 571 aa  212  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  33.53 
 
 		 518 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4946  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 539 aa  211  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401789  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 565 aa  211  3e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0040  AMP-binding protein  28.41 
 
 		 550 aa  210  5e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0957157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7498  putative AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 		 537 aa  210  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.740274 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  31.81 
 
 		 515 aa  210  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 555 aa  210  6e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 552 aa  210  7e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  31.44 
 
 		 549 aa  209  7e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 555 aa  209  7e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  31.15 
 
 		 525 aa  209  8e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 538 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  32.09 
 
 		 503 aa  209  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 547 aa  208  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.519207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  31.92 
 
 		 535 aa  207  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  33.52 
 
 		 553 aa  207  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 532 aa  206  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4369  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 542 aa  206  7e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 539 aa  206  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  32.2 
 
 		 530 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3285  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 513 aa  205  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 539 aa  205  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 559 aa  204  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 562 aa  204  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 545 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 522 aa  204  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3527  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 535 aa  203  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 		 512 aa  203  6e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  31.31 
 
 		 532 aa  203  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  29.91 
 
 		 561 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  31.6 
 
 		 556 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  32.82 
 
 		 513 aa  201  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 		 566 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1162  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 563 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.354451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 506 aa  200  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 539 aa  200  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 495 aa  199  7e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 513 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 		 546 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 521 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>