More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1346 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1346  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 502 aa  1020    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0953  AMP-dependent synthetase and ligase  50.31 
 
 		 487 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386047  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1556  putative ATP-dependent AMP-binding enzyme  52.74 
 
 		 519 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.493299  normal  0.349479 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 526 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3244  AMP-dependent synthetase and ligase  43.86 
 
 		 506 aa  362  6e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0875  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 		 517 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2315  AMP-dependent synthetase and ligase  43.81 
 
 		 478 aa  358  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  41.63 
 
 		 513 aa  344  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  43.16 
 
 		 513 aa  339  7e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0425  AMP-dependent synthetase and ligase  41.02 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0346  AMP-dependent synthetase and ligase  42.17 
 
 		 510 aa  332  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913385  normal  0.868784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0391  AMP-dependent synthetase and ligase  42.14 
 
 		 510 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.552309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  29.03 
 
 		 526 aa  189  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  28.88 
 
 		 549 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  28.98 
 
 		 528 aa  187  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  28.43 
 
 		 537 aa  186  8e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  28.49 
 
 		 527 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  28.63 
 
 		 532 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  28.49 
 
 		 531 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  29.76 
 
 		 521 aa  177  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  27.73 
 
 		 530 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  29.48 
 
 		 503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 662 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  29.17 
 
 		 531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 		 492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  28.93 
 
 		 533 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 		 549 aa  173  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  27.52 
 
 		 490 aa  173  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  25.05 
 
 		 528 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  28.03 
 
 		 524 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  24.47 
 
 		 528 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 		 530 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  28.54 
 
 		 519 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  24.27 
 
 		 522 aa  171  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  23.83 
 
 		 530 aa  171  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.25 
 
 		 514 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  27.49 
 
 		 515 aa  171  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  24.95 
 
 		 528 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  24.07 
 
 		 528 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  24.22 
 
 		 528 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  24.22 
 
 		 528 aa  170  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  24.22 
 
 		 528 aa  170  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  28.9 
 
 		 553 aa  170  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  24.27 
 
 		 522 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  29.17 
 
 		 528 aa  170  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  28.33 
 
 		 524 aa  170  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  24.07 
 
 		 528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  29.96 
 
 		 517 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2700  benzoate-CoA ligase family  27.22 
 
 		 530 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  28.96 
 
 		 518 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.51 
 
 		 518 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  24.07 
 
 		 528 aa  166  9e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  27.42 
 
 		 525 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.97 
 
 		 518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.96 
 
 		 518 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  28.79 
 
 		 501 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 566 aa  164  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.31 
 
 		 518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  26.1 
 
 		 567 aa  163  8.000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  29.47 
 
 		 539 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.16 
 
 		 513 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 551 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1162  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 		 563 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.354451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  25.84 
 
 		 498 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  27 
 
 		 549 aa  160  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  25.51 
 
 		 586 aa  160  5e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  27.83 
 
 		 532 aa  160  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.28 
 
 		 555 aa  159  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  27.26 
 
 		 524 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.55 
 
 		 518 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 		 571 aa  158  2e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 		 495 aa  157  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.8 
 
 		 519 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 555 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3780  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 		 577 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.97917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4985  amino acid adenylation domain protein  25.45 
 
 		 1336 aa  157  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.247998 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  28.84 
 
 		 520 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 		 528 aa  156  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  27.96 
 
 		 499 aa  157  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  26.77 
 
 		 527 aa  156  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 557 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  27.73 
 
 		 521 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  24.2 
 
 		 616 aa  156  9e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 599 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  28.17 
 
 		 510 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.51 
 
 		 518 aa  155  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  27.34 
 
 		 518 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0669  benzoate-CoA ligase family  27 
 
 		 503 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  26.72 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.71 
 
 		 518 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  27 
 
 		 514 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5751  amino acid adenylation domain protein  27.29 
 
 		 1578 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.51 
 
 		 518 aa  154  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 		 609 aa  153  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 		 552 aa  154  5e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.09 
 
 		 518 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2608  amino acid adenylation  27.44 
 
 		 9498 aa  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  25.58 
 
 		 548 aa  153  8.999999999999999e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.8 
 
 		 512 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>