More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0953 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0953  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 487 aa  961    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386047  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2315  AMP-dependent synthetase and ligase  52.71 
 
 		 478 aa  460  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1346  AMP-dependent synthetase and ligase  50.31 
 
 		 502 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1556  putative ATP-dependent AMP-binding enzyme  51.97 
 
 		 519 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.493299  normal  0.349479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3244  AMP-dependent synthetase and ligase  45.61 
 
 		 506 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  42.63 
 
 		 526 aa  359  6e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0875  AMP-dependent synthetase and ligase  43.26 
 
 		 517 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  41.79 
 
 		 513 aa  316  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  42.02 
 
 		 513 aa  312  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0425  AMP-dependent synthetase and ligase  42.92 
 
 		 512 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0391  AMP-dependent synthetase and ligase  41.34 
 
 		 510 aa  294  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.552309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0346  AMP-dependent synthetase and ligase  41.91 
 
 		 510 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913385  normal  0.868784 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  29.21 
 
 		 586 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 537 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 		 555 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 514 aa  184  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 567 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  31.24 
 
 		 528 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 		 530 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 566 aa  180  5.999999999999999e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 609 aa  179  8e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  32.08 
 
 		 507 aa  179  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  30.37 
 
 		 531 aa  179  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  29.13 
 
 		 563 aa  179  1e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 529 aa  177  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 555 aa  176  8e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  30.48 
 
 		 507 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 		 551 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  30.78 
 
 		 510 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  30.17 
 
 		 517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  30.89 
 
 		 547 aa  173  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  25.92 
 
 		 530 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 549 aa  172  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 539 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  27.6 
 
 		 525 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.25 
 
 		 512 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  31.54 
 
 		 501 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.08 
 
 		 528 aa  171  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5042  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 542 aa  171  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  27.08 
 
 		 522 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.56 
 
 		 506 aa  171  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  27.08 
 
 		 528 aa  171  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  27.08 
 
 		 528 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.08 
 
 		 528 aa  170  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 		 557 aa  170  6e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  30.58 
 
 		 518 aa  170  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 528 aa  169  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  26.88 
 
 		 528 aa  169  7e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 490 aa  169  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  27.86 
 
 		 531 aa  169  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  27.89 
 
 		 571 aa  169  1e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  26.88 
 
 		 522 aa  169  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 		 551 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 		 551 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  26.88 
 
 		 528 aa  168  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.99 
 
 		 514 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  26.88 
 
 		 528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.95 
 
 		 498 aa  167  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  30.72 
 
 		 503 aa  167  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  29.01 
 
 		 532 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  27.98 
 
 		 527 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 548 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.61 
 
 		 510 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 		 616 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  28.57 
 
 		 542 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 546 aa  166  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136925 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  31.69 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  26.67 
 
 		 528 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  29.76 
 
 		 504 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  28.45 
 
 		 510 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 557 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  29.14 
 
 		 504 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  31.06 
 
 		 541 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  31.06 
 
 		 541 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  28.54 
 
 		 506 aa  164  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  163  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  31.27 
 
 		 4575 aa  163  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3763  benzoate-coenzyme A ligase  30.8 
 
 		 522 aa  162  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0336097  normal  0.403317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 547 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  28.32 
 
 		 504 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  30.92 
 
 		 555 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  161  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.78 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 		 539 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  30.92 
 
 		 541 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  30.63 
 
 		 567 aa  162  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  30.92 
 
 		 541 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  30.92 
 
 		 541 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  30.86 
 
 		 555 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 542 aa  161  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 538 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.17 
 
 		 510 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  28.31 
 
 		 510 aa  161  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>