More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1556 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1556  putative ATP-dependent AMP-binding enzyme  100 
 
 		 519 aa  1017    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.493299  normal  0.349479 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1346  AMP-dependent synthetase and ligase  52.74 
 
 		 502 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0953  AMP-dependent synthetase and ligase  51.97 
 
 		 487 aa  447  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386047  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2315  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 		 478 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  45.98 
 
 		 526 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3244  AMP-dependent synthetase and ligase  46.86 
 
 		 506 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0391  AMP-dependent synthetase and ligase  42.99 
 
 		 510 aa  335  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.552309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0425  AMP-dependent synthetase and ligase  42.64 
 
 		 512 aa  330  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0346  AMP-dependent synthetase and ligase  42.8 
 
 		 510 aa  330  4e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913385  normal  0.868784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0875  AMP-dependent synthetase and ligase  44.8 
 
 		 517 aa  324  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  45.03 
 
 		 513 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  43.31 
 
 		 513 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1524  benzoate-CoA ligase family  34.11 
 
 		 503 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  30.58 
 
 		 528 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  30.46 
 
 		 527 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  29.92 
 
 		 549 aa  173  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 545 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 514 aa  172  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0829  benzoate-CoA ligase  31.53 
 
 		 521 aa  171  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0973123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3136  benzoate-CoA ligase family  29.4 
 
 		 528 aa  170  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 551 aa  169  8e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  30.02 
 
 		 532 aa  169  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 549 aa  168  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1526  benzoate-CoA ligase family  29.63 
 
 		 520 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.936301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  31.2 
 
 		 517 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  30.56 
 
 		 539 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3780  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 577 aa  167  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.97917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  30.5 
 
 		 501 aa  166  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  30.48 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0172  benzoate-CoA ligase family  29.08 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0589  benzoate-CoA ligase family  28.68 
 
 		 547 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  31.4 
 
 		 526 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 542 aa  164  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 557 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  30 
 
 		 518 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  27.76 
 
 		 525 aa  163  9e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 573 aa  160  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.123922  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0747  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 506 aa  160  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.303674  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  25.05 
 
 		 522 aa  159  8e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  26.26 
 
 		 571 aa  159  8e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 		 537 aa  159  9e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  25.05 
 
 		 528 aa  159  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  25.39 
 
 		 528 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  25.05 
 
 		 528 aa  159  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  25.05 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  25.05 
 
 		 522 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  28.79 
 
 		 512 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  28.68 
 
 		 533 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 		 567 aa  158  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 546 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 		 539 aa  158  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  28.74 
 
 		 526 aa  157  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  26.07 
 
 		 530 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1016  benzoate-CoA ligase family  28.02 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.34 
 
 		 514 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0275  putative acid-coenzyme A ligase  30.35 
 
 		 546 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  24.66 
 
 		 528 aa  156  7e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  30.49 
 
 		 529 aa  156  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 		 555 aa  156  9e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7161  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 546 aa  156  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11135  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  24.85 
 
 		 528 aa  156  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0736  benzoate-CoA ligase family  28.98 
 
 		 539 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  26.51 
 
 		 528 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0896  benzoate-coenzyme A ligase  28.13 
 
 		 531 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  30.38 
 
 		 524 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  25.78 
 
 		 528 aa  155  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  29.96 
 
 		 531 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  29.83 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 490 aa  155  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  26.42 
 
 		 530 aa  155  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3360  benzoate-CoA ligase family  29.3 
 
 		 505 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 		 506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  28.24 
 
 		 527 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  30.02 
 
 		 537 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 539 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  30.02 
 
 		 537 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  30.02 
 
 		 537 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2633  benzoate-CoA ligase family  27.1 
 
 		 513 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.710066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1419  benzoate-coenzyme A ligase  28.02 
 
 		 530 aa  154  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 		 492 aa  153  5.9999999999999996e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  26.84 
 
 		 547 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  29.63 
 
 		 542 aa  153  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2123  AMP-dependent synthetase and ligase  27.6 
 
 		 572 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  30.29 
 
 		 567 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  28.26 
 
 		 503 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  25.39 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.58 
 
 		 512 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 		 573 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  27.57 
 
 		 554 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  27.29 
 
 		 504 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  27.02 
 
 		 511 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 539 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  27.51 
 
 		 508 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6534  benzoate-CoA ligase family  29.25 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 539 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  27.99 
 
 		 548 aa  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  26.94 
 
 		 532 aa  151  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 539 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233351  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3170  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 567 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>