More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3934 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5324  AMP-dependent synthetase and ligase  56.47 
 
 		 568 aa  635    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00235844  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_003296  RS05571  acetyl-coenzyme A synthetase  57.5 
 
 		 567 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537353  normal  0.230746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 573 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3170  AMP-dependent synthetase and ligase  62.39 
 
 		 567 aa  699    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1162  AMP-dependent synthetase and ligase  61.86 
 
 		 563 aa  700    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.354451  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3657  AMP-dependent synthetase and ligase  57.22 
 
 		 568 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.920641 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  67.14 
 
 		 573 aa  762    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.123922  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0343  putative acetyl-coenzyme A synthetase  62.64 
 
 		 571 aa  680    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.624222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2619  AMP-dependent synthetase and ligase  56.99 
 
 		 568 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.987136  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2123  AMP-dependent synthetase and ligase  90.23 
 
 		 572 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3582  putative acetyl-CoA synthetase  79.4 
 
 		 576 aa  931    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235263 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4962  AMP-dependent synthetase and ligase  56.47 
 
 		 568 aa  635    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461936  normal  0.441229 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3090  AMP-dependent synthetase and ligase  81.45 
 
 		 576 aa  965    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.145452 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2586  AMP-dependent synthetase and ligase  57.77 
 
 		 566 aa  649    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151835 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3298  AMP-dependent synthetase and ligase  89.01 
 
 		 573 aa  1059    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373155  normal  0.115913 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4255  AMP-dependent synthetase and ligase  57.57 
 
 		 565 aa  640    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2555  AMP-dependent synthetase and ligase  78.18 
 
 		 577 aa  929    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4087  AMP-dependent synthetase and ligase  57.86 
 
 		 564 aa  644    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201784  normal  0.138033 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3974  AMP-dependent synthetase and ligase  57.86 
 
 		 564 aa  644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3405  AMP-dependent synthetase and ligase  56.47 
 
 		 568 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.116321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2275  AMP-dependent synthetase and ligase  61.59 
 
 		 555 aa  664    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.805584  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3780  AMP-dependent synthetase and ligase  67.14 
 
 		 577 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.97917 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4143  AMP-dependent synthetase and ligase  57.57 
 
 		 565 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0883  AMP-dependent synthetase and ligase  61.3 
 
 		 560 aa  633  1e-180  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3573  putative AMP-binding protein  56.16 
 
 		 574 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05310  acetyl-coenzyme A synthetase  56.79 
 
 		 562 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.366721 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  56.54 
 
 		 568 aa  628  1e-179  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4903  AMP-dependent synthetase and ligase  56.29 
 
 		 568 aa  631  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.266774  normal  0.0797319 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4384  AMP-dependent synthetase and ligase  56.12 
 
 		 568 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6529  normal  0.0709193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0715  AMP-dependent synthetase and ligase  55.48 
 
 		 609 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54994 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1802  AMP-binding enzyme  57.94 
 
 		 567 aa  625  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.228659  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2800  AMP-dependent synthetase and ligase  56.36 
 
 		 568 aa  627  1e-178  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5127  AMP-dependent synthetase and ligase  57.62 
 
 		 568 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.46532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1085  AMP-binding enzyme  56.56 
 
 		 563 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.622614  normal  0.01656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5743  putative acetate-CoA ligase  55.36 
 
 		 567 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0919  AMP-binding enzyme  56.03 
 
 		 567 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.210006  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2179  AMP-binding enzyme  56.03 
 
 		 567 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0827  AMP-binding enzyme  56.03 
 
 		 567 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5649  AMP-dependent synthetase and ligase  56.21 
 
 		 563 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0701  AMP-dependent synthetase and ligase  56.27 
 
 		 576 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  57.67 
 
 		 556 aa  603  1.0000000000000001e-171  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0683421  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22620  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  60.27 
 
 		 594 aa  601  1e-170  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2808  putative acetyl-coenzyme A synthetase  57.12 
 
 		 581 aa  596  1e-169  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3071  AMP-dependent synthetase and ligase  55.33 
 
 		 559 aa  582  1.0000000000000001e-165  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0361132  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0433  AMP-dependent synthetase and ligase  54.15 
 
 		 580 aa  581  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0429  AMP-dependent synthetase and ligase  54.53 
 
 		 572 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.312463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15890  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  53.33 
 
 		 587 aa  574  1.0000000000000001e-162  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000158213  normal  0.0863462 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4866  AMP-dependent synthetase and ligase  57.57 
 
 		 565 aa  575  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122937  normal  0.186116 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4026  AMP-dependent synthetase and ligase  53.77 
 
 		 569 aa  570  1e-161  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1564  AMP-dependent synthetase and ligase  57.54 
 
 		 566 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1187  AMP-dependent synthetase and ligase  53.2 
 
 		 562 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4819  AMP-dependent synthetase and ligase  55.81 
 
 		 565 aa  562  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4438  AMP-dependent synthetase and ligase  55.99 
 
 		 565 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.799628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4525  AMP-dependent synthetase and ligase  55.99 
 
 		 565 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.571943  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  54.95 
 
 		 567 aa  561  1e-158  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2378  AMP-dependent synthetase and ligase  54.48 
 
 		 567 aa  549  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.900828  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0669  AMP-dependent synthetase and ligase  50.52 
 
 		 560 aa  548  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2842  AMP-dependent synthetase and ligase  53.78 
 
 		 566 aa  541  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02890  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  51.82 
 
 		 593 aa  541  9.999999999999999e-153  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  41.32 
 
 		 616 aa  389  1e-107  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  39.86 
 
 		 567 aa  383  1e-105  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 		 609 aa  377  1e-103  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  40.44 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  40.58 
 
 		 571 aa  375  1e-102  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 		 552 aa  374  1e-102  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  43.11 
 
 		 564 aa  373  1e-102  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  39.64 
 
 		 555 aa  368  1e-100  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  39.74 
 
 		 552 aa  368  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 		 551 aa  366  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  38.34 
 
 		 586 aa  364  3e-99  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  40.77 
 
 		 566 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 528 aa  362  1e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 		 557 aa  361  2e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  40.26 
 
 		 555 aa  359  8e-98  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 559 aa  354  2e-96  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 559 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  39.45 
 
 		 563 aa  347  2e-94  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 559 aa  347  5e-94  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  36.12 
 
 		 559 aa  344  2e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1242  acetyl-CoA synthetase  38.06 
 
 		 557 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 559 aa  341  2e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447504  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 627 aa  341  2.9999999999999998e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0040  AMP-binding protein  37.04 
 
 		 550 aa  333  7.000000000000001e-90  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0957157  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  38.1 
 
 		 522 aa  332  9e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  37.9 
 
 		 528 aa  331  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  37.9 
 
 		 528 aa  331  2e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  37.7 
 
 		 528 aa  330  4e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  37.7 
 
 		 522 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  38.38 
 
 		 549 aa  329  8e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  37.7 
 
 		 528 aa  329  9e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  37.7 
 
 		 528 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  37.7 
 
 		 528 aa  327  3e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 528 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  37.3 
 
 		 528 aa  326  9e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 537 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 		 528 aa  323  7e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 546 aa  323  7e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 549 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0608  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 534 aa  322  9.999999999999999e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00970947  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17560  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  36.51 
 
 		 589 aa  318  2e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.208235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>