More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0346 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1370  AMP-dependent synthetase and ligase  72.02 
 
 		 513 aa  684    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31361  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0391  AMP-dependent synthetase and ligase  96.47 
 
 		 510 aa  911    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.552309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0425  AMP-dependent synthetase and ligase  89.82 
 
 		 512 aa  870    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0346  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 510 aa  1026    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913385  normal  0.868784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0875  AMP-dependent synthetase and ligase  71.94 
 
 		 517 aa  706    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5458  AMP-dependent synthetase and ligase  77.58 
 
 		 513 aa  749    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.351223 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  62.48 
 
 		 526 aa  622  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.789973  normal  0.153239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3244  AMP-dependent synthetase and ligase  52.07 
 
 		 506 aa  481  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1346  AMP-dependent synthetase and ligase  42.32 
 
 		 502 aa  363  3e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1556  putative ATP-dependent AMP-binding enzyme  42.69 
 
 		 519 aa  322  9.999999999999999e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.493299  normal  0.349479 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0953  AMP-dependent synthetase and ligase  42.32 
 
 		 487 aa  319  9e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386047  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 537 aa  291  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2315  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 478 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 530 aa  263  4e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 530 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  29.65 
 
 		 522 aa  254  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  29.65 
 
 		 528 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  29.65 
 
 		 528 aa  253  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  29.46 
 
 		 528 aa  253  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  29.65 
 
 		 528 aa  253  7e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  29.65 
 
 		 528 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  29.65 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  29.65 
 
 		 522 aa  252  1e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 528 aa  251  2e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  29.46 
 
 		 528 aa  250  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 528 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1224  benzoate-CoA ligase  34.29 
 
 		 549 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231141  normal  0.0338885 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1162  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 563 aa  242  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.354451  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  31.24 
 
 		 586 aa  241  2e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  34.02 
 
 		 527 aa  241  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  33.77 
 
 		 531 aa  238  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 		 514 aa  237  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 		 571 aa  236  6e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 551 aa  236  6e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 549 aa  236  7e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  33.27 
 
 		 526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 560 aa  233  5e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 		 555 aa  233  6e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 535 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 548 aa  230  5e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0728  benzoate-CoA ligase family  32.95 
 
 		 524 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 567 aa  229  9e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6454  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 529 aa  229  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 609 aa  228  2e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1534  benzoate-CoA ligase family  32.7 
 
 		 524 aa  228  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2808  putative acetyl-coenzyme A synthetase  33.91 
 
 		 581 aa  227  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  33.27 
 
 		 524 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 528 aa  226  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 559 aa  226  8e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447504  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 616 aa  225  1e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  31.81 
 
 		 527 aa  225  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 566 aa  225  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0860  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 541 aa  225  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184863  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15890  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  33.33 
 
 		 587 aa  224  2e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000158213  normal  0.0863462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2275  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.805584  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0730  benzoate-CoA ligase family  33.4 
 
 		 519 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17330  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  30.34 
 
 		 582 aa  224  3e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.296873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 662 aa  224  4e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.33 
 
 		 512 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 559 aa  223  8e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  32.95 
 
 		 533 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 559 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 555 aa  222  9.999999999999999e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0701  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 576 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  29.73 
 
 		 571 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  29.87 
 
 		 571 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 		 539 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 		 525 aa  221  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 		 539 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  31.68 
 
 		 532 aa  221  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 557 aa  220  5e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 546 aa  220  6e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  31.93 
 
 		 535 aa  219  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 553 aa  219  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0153376  normal  0.142852 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1327  benzoate-CoA ligase  33.46 
 
 		 553 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.618655  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0343  putative acetyl-coenzyme A synthetase  31.85 
 
 		 571 aa  219  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.624222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  28.27 
 
 		 552 aa  218  2e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  33.72 
 
 		 515 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  29.03 
 
 		 563 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 		 559 aa  217  4e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4003  benzoate-CoA ligase family  32.82 
 
 		 542 aa  217  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0147866  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05310  acetyl-coenzyme A synthetase  34.43 
 
 		 562 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.366721 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  31.34 
 
 		 549 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2983  benzoate-CoA ligase  30.74 
 
 		 528 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197545  normal  0.494918 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3170  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 567 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2180  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 548 aa  213  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 520 aa  212  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4255  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 565 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4143  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 565 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267383  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0040  AMP-binding protein  28.22 
 
 		 550 aa  211  2e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0957157  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1543  benzoate-CoA ligase family  31.81 
 
 		 532 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.495782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0076  benzoate-CoA ligase family  30.62 
 
 		 518 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 557 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.633916 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 		 521 aa  211  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 522 aa  211  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 546 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2172  acetyl-CoA synthetase, putative  27.97 
 
 		 531 aa  210  5e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 506 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  30.23 
 
 		 568 aa  210  6e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  30.23 
 
 		 568 aa  210  6e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>