More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2520 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2520  diguanylate cyclase  100 
 
 
383 aa  751    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2925  GGDEF domain-containing protein  79.4 
 
 
381 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.011944  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6701  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  65.32 
 
 
384 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.125702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6707  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  54.14 
 
 
377 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282449  normal  0.0224535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4493  diguanylate cyclase  51.55 
 
 
404 aa  289  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.605021  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5045  diguanylate cyclase  34.75 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1028  diguanylate cyclase  32.77 
 
 
421 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306514  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
356 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  37.79 
 
 
703 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.07 
 
 
875 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
941 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 
607 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  37.07 
 
 
873 aa  116  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 
832 aa  116  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.53 
 
 
1071 aa  116  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 
823 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.95 
 
 
882 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.95 
 
 
882 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.04 
 
 
818 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.95 
 
 
882 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  42.7 
 
 
703 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  44.79 
 
 
612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.19 
 
 
912 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
928 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
928 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.05 
 
 
793 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.92 
 
 
882 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 
1143 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 
1143 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.29 
 
 
516 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  42.16 
 
 
878 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  38.19 
 
 
928 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2936  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 
561 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
772 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
516 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
684 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  37.08 
 
 
603 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.95 
 
 
658 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.23 
 
 
954 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.7 
 
 
929 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.46 
 
 
904 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.14 
 
 
823 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.95 
 
 
874 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 
508 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0595  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.69 
 
 
730 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  39.66 
 
 
592 aa  110  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.45 
 
 
877 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.44 
 
 
696 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.44 
 
 
696 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
1327 aa  110  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44 
 
 
1034 aa  109  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 
954 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.94 
 
 
693 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.12 
 
 
683 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
954 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
781 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27346  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 
656 aa  109  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 
583 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1080  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
767 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
781 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
781 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  38.16 
 
 
495 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  36.76 
 
 
862 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.79 
 
 
516 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  42.86 
 
 
903 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.71 
 
 
789 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.86 
 
 
950 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.83 
 
 
876 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.83 
 
 
876 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.83 
 
 
876 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.89 
 
 
1010 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 
614 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.79 
 
 
516 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3745  putative GGDEF/cyclase  31.82 
 
 
392 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.22 
 
 
656 aa  107  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0360964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.24 
 
 
376 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
905 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
695 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.72 
 
 
769 aa  106  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.17 
 
 
863 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 
695 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  38.73 
 
 
884 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.7 
 
 
754 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
695 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.09 
 
 
833 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0034  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  31.82 
 
 
649 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224173  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.75 
 
 
777 aa  106  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
551 aa  106  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.89 
 
 
805 aa  106  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 
467 aa  106  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
725 aa  106  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 
585 aa  106  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.57 
 
 
730 aa  106  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 
821 aa  105  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
824 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 
554 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 
937 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2711  GGDEF  34.02 
 
 
656 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  34.89 
 
 
604 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>