More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2925 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2925  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
381 aa  757    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.011944  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2520  diguanylate cyclase  79.09 
 
 
383 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6701  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  64.84 
 
 
384 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.125702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6707  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  52.37 
 
 
377 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282449  normal  0.0224535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4493  diguanylate cyclase  52.09 
 
 
404 aa  298  7e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.605021  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5045  diguanylate cyclase  34.37 
 
 
400 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1028  diguanylate cyclase  32.3 
 
 
421 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306514  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  45.7 
 
 
356 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.32 
 
 
882 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.72 
 
 
772 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.42 
 
 
882 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.42 
 
 
882 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 
873 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.42 
 
 
882 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.11 
 
 
832 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.42 
 
 
876 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.1 
 
 
876 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.1 
 
 
876 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.98 
 
 
875 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
612 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.89 
 
 
877 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.59 
 
 
501 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  34.17 
 
 
941 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.22 
 
 
874 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.14 
 
 
780 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 
508 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 
635 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 
516 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0595  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.5 
 
 
730 aa  109  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
495 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.69 
 
 
727 aa  109  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.58 
 
 
833 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
516 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  36.18 
 
 
928 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  42.11 
 
 
429 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
527 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.84 
 
 
873 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 
769 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  38.3 
 
 
866 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 
876 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  38.04 
 
 
928 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 
658 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  42.77 
 
 
592 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 
656 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.69 
 
 
697 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 
607 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 
905 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 
583 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.04 
 
 
912 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.4 
 
 
878 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.24 
 
 
631 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2936  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 
561 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
928 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  42.54 
 
 
823 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.62 
 
 
874 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 
949 aa  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.69 
 
 
793 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
774 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.59 
 
 
950 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.13 
 
 
818 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.55 
 
 
656 aa  106  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0360964 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.88 
 
 
1071 aa  106  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.82 
 
 
832 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
495 aa  106  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.7 
 
 
824 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.6 
 
 
679 aa  106  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
823 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.21 
 
 
833 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.21 
 
 
833 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.51 
 
 
643 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 
801 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7195  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
644 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.98 
 
 
1034 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
781 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
781 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
781 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27346  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
514 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.11 
 
 
776 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0089  diguanylate cyclase  33.88 
 
 
407 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181863  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.36 
 
 
904 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.38 
 
 
954 aa  104  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.29 
 
 
822 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2896  diguanylate cyclase  29.64 
 
 
393 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.023379 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  38.8 
 
 
516 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.54 
 
 
726 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.1 
 
 
1143 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  35.27 
 
 
748 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  39.68 
 
 
743 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.1 
 
 
1143 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  37.33 
 
 
231 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  33.45 
 
 
703 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 
725 aa  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.68 
 
 
743 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
442 aa  103  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.49 
 
 
667 aa  103  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3745  putative GGDEF/cyclase  33.64 
 
 
392 aa  103  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
954 aa  102  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
714 aa  102  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.72 
 
 
1010 aa  102  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>