105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3547 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 
456 aa  905    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  65.09 
 
 
451 aa  589  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  63.29 
 
 
451 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  52.82 
 
 
445 aa  460  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  38.33 
 
 
446 aa  286  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.72 
 
 
441 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.04 
 
 
445 aa  249  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.8 
 
 
445 aa  249  8e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.27 
 
 
445 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  35.7 
 
 
497 aa  239  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  36.41 
 
 
459 aa  238  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.05 
 
 
480 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.49 
 
 
433 aa  237  4e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  35.71 
 
 
494 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  32.95 
 
 
450 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.18 
 
 
490 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  38.41 
 
 
496 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.59 
 
 
480 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  37.76 
 
 
520 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  37.62 
 
 
445 aa  231  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  37.98 
 
 
480 aa  230  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  33.89 
 
 
446 aa  228  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.12 
 
 
459 aa  228  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.11 
 
 
456 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  35.73 
 
 
508 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.83 
 
 
475 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  34.14 
 
 
450 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.69 
 
 
459 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.64 
 
 
433 aa  213  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  34.46 
 
 
479 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  34.46 
 
 
499 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  34.46 
 
 
505 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  34.46 
 
 
479 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  34.46 
 
 
499 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  34.46 
 
 
505 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.82 
 
 
470 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.56 
 
 
451 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  34.23 
 
 
723 aa  209  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.32 
 
 
457 aa  208  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  33.81 
 
 
444 aa  207  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.19 
 
 
446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.47 
 
 
447 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.41 
 
 
451 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  28.26 
 
 
460 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.4 
 
 
464 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.23 
 
 
446 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0361  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  26.69 
 
 
387 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.31 
 
 
325 aa  58.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.46 
 
 
307 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.67 
 
 
325 aa  56.2  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.34 
 
 
337 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.18 
 
 
323 aa  55.5  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.27 
 
 
348 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.78 
 
 
332 aa  54.7  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4237  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.55 
 
 
293 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0357468  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  27.4 
 
 
348 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  28.65 
 
 
318 aa  53.5  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.11 
 
 
318 aa  53.5  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.47 
 
 
315 aa  53.1  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  27.78 
 
 
344 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.69 
 
 
317 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.35 
 
 
341 aa  52.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.94 
 
 
348 aa  53.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.35 
 
 
319 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.85 
 
 
350 aa  51.2  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.9 
 
 
306 aa  51.2  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.68 
 
 
346 aa  51.2  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.72 
 
 
318 aa  50.8  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.23 
 
 
349 aa  50.8  0.00005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.12 
 
 
322 aa  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.74 
 
 
324 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.07 
 
 
512 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.87 
 
 
310 aa  49.3  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0993  TRAP transporter solute receptor  27.1 
 
 
323 aa  48.5  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.793659  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.49 
 
 
454 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.05 
 
 
327 aa  47.8  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.45 
 
 
356 aa  47.4  0.0005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.41 
 
 
330 aa  47.4  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.87 
 
 
330 aa  47  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.81 
 
 
371 aa  47  0.0007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  33.33 
 
 
316 aa  47  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.73 
 
 
651 aa  47  0.0007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  21.05 
 
 
322 aa  47  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.09 
 
 
329 aa  46.6  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.13 
 
 
308 aa  46.6  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.78 
 
 
323 aa  46.6  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.29 
 
 
317 aa  46.2  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.75 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.58 
 
 
316 aa  45.8  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  21.29 
 
 
322 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.38 
 
 
316 aa  45.8  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  20.45 
 
 
324 aa  45.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.43 
 
 
329 aa  45.1  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.58 
 
 
333 aa  44.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.11 
 
 
332 aa  44.3  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  18.95 
 
 
328 aa  44.7  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6446  hypothetical protein  24.33 
 
 
395 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0878976  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.67 
 
 
317 aa  43.9  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 
338 aa  43.9  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022197  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.33 
 
 
295 aa  43.9  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>