225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1252 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
323 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  58.7 
 
 
323 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  63.09 
 
 
323 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  61.26 
 
 
323 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  58.57 
 
 
324 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  60.34 
 
 
322 aa  374  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.49 
 
 
322 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  60 
 
 
322 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.01 
 
 
327 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  57.19 
 
 
326 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  55.59 
 
 
327 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  55.84 
 
 
328 aa  362  5.0000000000000005e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  51.85 
 
 
324 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  59.16 
 
 
322 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  55.05 
 
 
322 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  56.42 
 
 
324 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  56.42 
 
 
324 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  55.74 
 
 
324 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  54.3 
 
 
338 aa  348  9e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  49.84 
 
 
328 aa  332  5e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  56.29 
 
 
325 aa  330  2e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  50.79 
 
 
333 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  52.15 
 
 
323 aa  325  9e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  47.65 
 
 
326 aa  298  6e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  47.28 
 
 
317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  44.07 
 
 
330 aa  263  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  38.58 
 
 
325 aa  251  1e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  38.46 
 
 
326 aa  247  2e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.47 
 
 
336 aa  238  1e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  39.87 
 
 
313 aa  235  9e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  40.45 
 
 
312 aa  229  7e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  40.06 
 
 
319 aa  226  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  41.55 
 
 
313 aa  226  4e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.73 
 
 
317 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.28 
 
 
317 aa  192  7e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.34 
 
 
317 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  34.67 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.84 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.69 
 
 
333 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.22 
 
 
329 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  36.36 
 
 
316 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.89 
 
 
325 aa  169  8e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32 
 
 
318 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  32.33 
 
 
317 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.33 
 
 
317 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  32.44 
 
 
344 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.67 
 
 
317 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  34.54 
 
 
329 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.54 
 
 
348 aa  154  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.86 
 
 
335 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.14 
 
 
318 aa  154  2e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.62 
 
 
317 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.53 
 
 
315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
315 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.98 
 
 
349 aa  153  4e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.23 
 
 
317 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.28 
 
 
315 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.84 
 
 
318 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.84 
 
 
318 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.84 
 
 
318 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.84 
 
 
318 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.57 
 
 
348 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  31.31 
 
 
316 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.59 
 
 
316 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.56 
 
 
329 aa  149  9e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  29.81 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  30.84 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.49 
 
 
316 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.41 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  30.16 
 
 
319 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.17 
 
 
651 aa  146  5e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.03 
 
 
318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  30.03 
 
 
318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.11 
 
 
316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.19 
 
 
328 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.38 
 
 
317 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.42 
 
 
342 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.69 
 
 
318 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  29.21 
 
 
319 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  28.67 
 
 
320 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.93 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.19 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.06 
 
 
332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.28 
 
 
345 aa  139  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.38 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.58 
 
 
346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.19 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.88 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.83 
 
 
318 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.63 
 
 
319 aa  133  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.08 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  30.2 
 
 
342 aa  129  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  29.52 
 
 
351 aa  126  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.5 
 
 
346 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  28.04 
 
 
310 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  28.21 
 
 
336 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.38 
 
 
344 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.77 
 
 
337 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  27.9 
 
 
336 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  31.12 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>