162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3299 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  100 
 
 
348 aa  712    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  99.43 
 
 
348 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  83.09 
 
 
349 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  61.18 
 
 
350 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.64 
 
 
358 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  34.6 
 
 
357 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.56 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  29.3 
 
 
357 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  32.52 
 
 
391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.06 
 
 
362 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  28.09 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  28.26 
 
 
387 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  28.22 
 
 
367 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  27.87 
 
 
367 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  29.48 
 
 
374 aa  92.8  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.39 
 
 
370 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  28.47 
 
 
363 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  25.25 
 
 
420 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  28.47 
 
 
387 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  25.53 
 
 
387 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.67 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7227  hypothetical protein  29.67 
 
 
391 aa  83.6  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.71 
 
 
330 aa  82  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.07 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.15 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.17 
 
 
335 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.24 
 
 
318 aa  74.7  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.64 
 
 
345 aa  73.6  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.92 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  26.72 
 
 
361 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.74 
 
 
323 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  31.08 
 
 
333 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.97 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.94 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  24.41 
 
 
423 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.94 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.62 
 
 
316 aa  68.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  30.94 
 
 
316 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  31.78 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  28 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  27.03 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.99 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.69 
 
 
446 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.45 
 
 
325 aa  67  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  29.24 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.14 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
327 aa  67  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  28.46 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  27.78 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.73 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.36 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.77 
 
 
651 aa  65.5  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.8 
 
 
315 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  27.69 
 
 
322 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.75 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.21 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  25.82 
 
 
313 aa  63.9  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.3 
 
 
318 aa  63.9  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.5 
 
 
324 aa  63.5  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.58 
 
 
348 aa  63.2  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.35 
 
 
327 aa  63.5  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.51 
 
 
317 aa  63.2  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
350 aa  63.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  28.86 
 
 
316 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.15 
 
 
326 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25.74 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  25.85 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.25 
 
 
317 aa  62  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.37 
 
 
328 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.19 
 
 
433 aa  61.6  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.2 
 
 
312 aa  62  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.13 
 
 
326 aa  61.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.47 
 
 
318 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.47 
 
 
318 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.54 
 
 
371 aa  60.8  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.47 
 
 
318 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.47 
 
 
318 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  26.78 
 
 
322 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.79 
 
 
344 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.15 
 
 
319 aa  59.7  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.45 
 
 
316 aa  58.9  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.78 
 
 
317 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 
325 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.74 
 
 
512 aa  58.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.91 
 
 
317 aa  58.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.14 
 
 
356 aa  58.5  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.42 
 
 
317 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.63 
 
 
323 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.31 
 
 
307 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.96 
 
 
323 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.31 
 
 
318 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  28.52 
 
 
312 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  26.78 
 
 
313 aa  57  0.0000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
306 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.67 
 
 
299 aa  56.2  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>