150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4887 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  94.13 
 
 
357 aa  654    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
358 aa  739    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  73.08 
 
 
366 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  51.12 
 
 
357 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  33.43 
 
 
374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  34.08 
 
 
349 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  34.42 
 
 
348 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.42 
 
 
348 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  31.28 
 
 
350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  24.67 
 
 
367 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  24.67 
 
 
367 aa  89  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  26.26 
 
 
391 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.32 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.13 
 
 
370 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  24.15 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.45 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  25.25 
 
 
387 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.07 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  26.14 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  24.24 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.23 
 
 
316 aa  72.4  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.81 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  22.26 
 
 
420 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  23.83 
 
 
387 aa  69.7  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.2 
 
 
329 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.68 
 
 
330 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.04 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  28.85 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  22.55 
 
 
362 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.49 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.44 
 
 
329 aa  67  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.97 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  23 
 
 
381 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  26.35 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  26.35 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.8 
 
 
326 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.41 
 
 
319 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  23.49 
 
 
423 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.81 
 
 
332 aa  65.5  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  27.35 
 
 
318 aa  64.7  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.86 
 
 
346 aa  64.3  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.06 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  27.39 
 
 
312 aa  63.9  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  25.21 
 
 
325 aa  63.5  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.89 
 
 
328 aa  62.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.24 
 
 
317 aa  62.8  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.95 
 
 
318 aa  62.8  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  23.59 
 
 
361 aa  62.8  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.72 
 
 
512 aa  62.4  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.77 
 
 
651 aa  62.4  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.05 
 
 
446 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  24.41 
 
 
328 aa  62.4  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.63 
 
 
322 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.35 
 
 
325 aa  61.6  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  33.33 
 
 
317 aa  61.2  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.17 
 
 
323 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.07 
 
 
323 aa  60.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  35.58 
 
 
319 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  36.02 
 
 
318 aa  60.5  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.27 
 
 
325 aa  60.5  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.1 
 
 
319 aa  60.5  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.33 
 
 
317 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  28.66 
 
 
319 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.28 
 
 
441 aa  59.7  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.38 
 
 
318 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.38 
 
 
318 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.38 
 
 
318 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.38 
 
 
318 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.01 
 
 
345 aa  59.7  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.46 
 
 
342 aa  59.7  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.94 
 
 
348 aa  59.3  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.02 
 
 
318 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.02 
 
 
318 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  36.02 
 
 
318 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  24.18 
 
 
324 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.88 
 
 
349 aa  58.9  0.0000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.71 
 
 
336 aa  58.5  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.86 
 
 
317 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  26.51 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 
315 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.27 
 
 
310 aa  57.8  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.51 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.3 
 
 
318 aa  57.4  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.85 
 
 
308 aa  57.4  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27 
 
 
317 aa  57.4  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.19 
 
 
333 aa  57  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.5 
 
 
299 aa  57  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 
327 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  29.19 
 
 
445 aa  57  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.36 
 
 
308 aa  56.6  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  23.72 
 
 
326 aa  56.6  0.0000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.64 
 
 
322 aa  56.2  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.74 
 
 
327 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.72 
 
 
315 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.6 
 
 
315 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.17 
 
 
323 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  26.49 
 
 
335 aa  53.9  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.54 
 
 
318 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  32.14 
 
 
316 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>