187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0549 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
441 aa  889    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  44.15 
 
 
459 aa  348  8e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  44.37 
 
 
446 aa  343  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  44.62 
 
 
490 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  44.62 
 
 
496 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  44.62 
 
 
494 aa  340  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  43.37 
 
 
445 aa  338  8e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  44.21 
 
 
497 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  44.16 
 
 
520 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  44.16 
 
 
480 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  44.16 
 
 
480 aa  332  8e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  43.91 
 
 
480 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  44.99 
 
 
475 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.78 
 
 
456 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.51 
 
 
445 aa  323  4e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.78 
 
 
445 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  41.53 
 
 
450 aa  319  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  40.18 
 
 
459 aa  319  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.78 
 
 
445 aa  319  7e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  42.17 
 
 
451 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.69 
 
 
446 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  43.98 
 
 
508 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  41.88 
 
 
499 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  41.88 
 
 
499 aa  306  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  41.88 
 
 
479 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  41.88 
 
 
505 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  41.88 
 
 
479 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  41.88 
 
 
505 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  42.11 
 
 
723 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  40.39 
 
 
447 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.5 
 
 
451 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  41.75 
 
 
450 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  39.67 
 
 
460 aa  300  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.98 
 
 
470 aa  297  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  40.38 
 
 
446 aa  295  8e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  40.58 
 
 
464 aa  292  9e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  39.45 
 
 
444 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  37.53 
 
 
451 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  36.85 
 
 
451 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.15 
 
 
433 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.88 
 
 
457 aa  260  3e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.48 
 
 
459 aa  259  6e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  35.17 
 
 
445 aa  257  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  38.08 
 
 
433 aa  251  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.12 
 
 
456 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.27 
 
 
446 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.72 
 
 
318 aa  89.7  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.69 
 
 
651 aa  83.2  0.000000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
454 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.04 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.58 
 
 
317 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.26 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 
323 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.23 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.98 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.33 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.67 
 
 
307 aa  70.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.2 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.49 
 
 
315 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  24.31 
 
 
310 aa  69.7  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.6 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.88 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.7 
 
 
327 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.09 
 
 
512 aa  67.4  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  28.8 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  28.96 
 
 
344 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.71 
 
 
339 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  27.19 
 
 
316 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.51 
 
 
326 aa  65.1  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.88 
 
 
325 aa  65.1  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.05 
 
 
348 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.16 
 
 
366 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.11 
 
 
332 aa  62.8  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.76 
 
 
341 aa  63.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
332 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.25 
 
 
329 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
306 aa  61.6  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.83 
 
 
328 aa  61.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  27.62 
 
 
357 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
349 aa  61.2  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 
323 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.64 
 
 
350 aa  60.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.22 
 
 
323 aa  60.8  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.21 
 
 
318 aa  60.5  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.02 
 
 
318 aa  60.5  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.61 
 
 
330 aa  60.1  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.4 
 
 
342 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.29 
 
 
453 aa  59.7  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.28 
 
 
345 aa  59.7  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  25.84 
 
 
324 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.28 
 
 
358 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.84 
 
 
324 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.77 
 
 
310 aa  58.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.46 
 
 
319 aa  58.9  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  31.58 
 
 
349 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25.51 
 
 
324 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.79 
 
 
323 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>