170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5002 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
315 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  92.7 
 
 
315 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  90.85 
 
 
317 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  86.98 
 
 
315 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  87.93 
 
 
320 aa  514  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  72.45 
 
 
318 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  65.69 
 
 
317 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  65.77 
 
 
317 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  65.77 
 
 
317 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  63.06 
 
 
319 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  62.42 
 
 
319 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  64.77 
 
 
317 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  60.44 
 
 
316 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.79 
 
 
317 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  64.83 
 
 
316 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  61.66 
 
 
318 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.79 
 
 
318 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.79 
 
 
318 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  63.79 
 
 
318 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.44 
 
 
318 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.44 
 
 
318 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  60.44 
 
 
318 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.44 
 
 
318 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  59.94 
 
 
317 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  61.01 
 
 
318 aa  380  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  61.64 
 
 
319 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  55.24 
 
 
318 aa  362  6e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  40.45 
 
 
318 aa  222  7e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  40.73 
 
 
316 aa  219  7e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  42.41 
 
 
348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  41.38 
 
 
344 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  40.34 
 
 
342 aa  206  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  39.43 
 
 
316 aa  202  7e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.34 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.57 
 
 
316 aa  195  9e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.49 
 
 
325 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.97 
 
 
348 aa  182  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.68 
 
 
317 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.97 
 
 
342 aa  179  7e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.23 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.56 
 
 
317 aa  169  6e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  32.67 
 
 
315 aa  169  7e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.02 
 
 
319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.74 
 
 
333 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.18 
 
 
329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.99 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  32 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  32.33 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.76 
 
 
306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  35.86 
 
 
316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.91 
 
 
327 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  34.43 
 
 
312 aa  160  3e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.82 
 
 
329 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.22 
 
 
651 aa  159  7e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  31.56 
 
 
324 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.62 
 
 
323 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  33.79 
 
 
310 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  28.93 
 
 
328 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.98 
 
 
332 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.76 
 
 
326 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.35 
 
 
339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  29.53 
 
 
323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  29.73 
 
 
323 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  32.48 
 
 
313 aa  151  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.88 
 
 
322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  32.14 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.2 
 
 
356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32 
 
 
326 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.01 
 
 
342 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.67 
 
 
333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.47 
 
 
330 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.01 
 
 
327 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  32.66 
 
 
313 aa  144  2e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.29 
 
 
324 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.29 
 
 
324 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.96 
 
 
329 aa  142  9e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  31.25 
 
 
336 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.43 
 
 
323 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.17 
 
 
315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  29.5 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.02 
 
 
317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.03 
 
 
371 aa  139  7e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  28.52 
 
 
324 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  31.19 
 
 
351 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.81 
 
 
328 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  31.56 
 
 
336 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.7 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.04 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.33 
 
 
375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 
338 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  31.53 
 
 
335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  30.18 
 
 
318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  28.57 
 
 
325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.45 
 
 
349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.25 
 
 
335 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.27 
 
 
337 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.61 
 
 
345 aa  129  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  26.45 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.8 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.04 
 
 
346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>