137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3359 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
366 aa  754    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  74.45 
 
 
357 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  73.08 
 
 
358 aa  545  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  56.14 
 
 
357 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  36.11 
 
 
374 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  33.56 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.56 
 
 
348 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  33.56 
 
 
349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  32.9 
 
 
350 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  26.59 
 
 
387 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  28.38 
 
 
391 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  26.44 
 
 
367 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  26.44 
 
 
367 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  26.65 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  28.43 
 
 
363 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  25.38 
 
 
423 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  22.29 
 
 
420 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  26.78 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  24.7 
 
 
387 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.03 
 
 
333 aa  72.8  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.24 
 
 
651 aa  72.4  0.00000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.85 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  23.68 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.23 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.95 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  24.16 
 
 
370 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  28.62 
 
 
313 aa  69.7  0.00000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.09 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  26.97 
 
 
325 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.44 
 
 
350 aa  67  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.78 
 
 
318 aa  67  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.5 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  27.42 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.5 
 
 
337 aa  66.6  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.27 
 
 
329 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.84 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.63 
 
 
318 aa  65.5  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  24.92 
 
 
316 aa  65.5  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  22.55 
 
 
362 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.16 
 
 
441 aa  63.2  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.02 
 
 
336 aa  62.8  0.000000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.5 
 
 
317 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  24.09 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.67 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  24.14 
 
 
361 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.07 
 
 
328 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.57 
 
 
446 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.21 
 
 
348 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.49 
 
 
318 aa  60.1  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.86 
 
 
346 aa  59.7  0.00000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.85 
 
 
319 aa  59.3  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  28.23 
 
 
344 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.53 
 
 
326 aa  59.3  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  27.36 
 
 
335 aa  58.9  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  27.39 
 
 
317 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.99 
 
 
333 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  26.96 
 
 
310 aa  58.9  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.39 
 
 
317 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.81 
 
 
349 aa  58.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.36 
 
 
329 aa  57.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.77 
 
 
345 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.89 
 
 
332 aa  57.4  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.53 
 
 
327 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.8 
 
 
317 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.86 
 
 
342 aa  56.2  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
308 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.1 
 
 
512 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.25 
 
 
325 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.99 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.27 
 
 
323 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.95 
 
 
325 aa  54.3  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.65 
 
 
317 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.9 
 
 
299 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 
348 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.84 
 
 
446 aa  53.9  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  23.91 
 
 
322 aa  54.3  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  22.79 
 
 
328 aa  53.5  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25 
 
 
322 aa  53.5  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.18 
 
 
306 aa  53.5  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.38 
 
 
317 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  26.78 
 
 
316 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.52 
 
 
308 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.25 
 
 
459 aa  52  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.64 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.52 
 
 
317 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  24.83 
 
 
336 aa  51.6  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.32 
 
 
307 aa  51.6  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2996  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 
462 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958202  normal  0.49053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.1 
 
 
315 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6446  hypothetical protein  28.26 
 
 
395 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0878976  normal  0.0413594 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.57 
 
 
326 aa  50.8  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.09 
 
 
323 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.08 
 
 
335 aa  50.4  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  24.92 
 
 
336 aa  50.4  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.97 
 
 
454 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  23.87 
 
 
317 aa  49.7  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>