161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1924 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  100 
 
 
350 aa  716    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  62.17 
 
 
349 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  61.47 
 
 
348 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  61.47 
 
 
348 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.41 
 
 
358 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.9 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  30.79 
 
 
357 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  32.01 
 
 
391 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  29.69 
 
 
381 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  29.43 
 
 
357 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  27.18 
 
 
387 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.32 
 
 
370 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  29.24 
 
 
363 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.1 
 
 
362 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  25.97 
 
 
387 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.33 
 
 
349 aa  91.3  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  28.67 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  28.67 
 
 
367 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  28.18 
 
 
374 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.72 
 
 
325 aa  86.3  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.73 
 
 
329 aa  85.9  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.01 
 
 
329 aa  85.1  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.04 
 
 
333 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  33.73 
 
 
316 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  28.11 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  32.08 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.6 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7227  hypothetical protein  27.34 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29 
 
 
346 aa  78.2  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.9 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.46 
 
 
651 aa  77  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.01 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  24.91 
 
 
423 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.87 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.89 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.15 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.17 
 
 
350 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  30.94 
 
 
324 aa  75.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  24.36 
 
 
420 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  28.24 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.23 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.16 
 
 
319 aa  72  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  25 
 
 
361 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.6 
 
 
327 aa  72.4  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.16 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.36 
 
 
330 aa  72  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  26.46 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.17 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.99 
 
 
335 aa  70.5  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.36 
 
 
326 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.89 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.55 
 
 
326 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  31.92 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.65 
 
 
325 aa  67.8  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.66 
 
 
446 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.29 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.49 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.17 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.71 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  31.15 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  27.71 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.04 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.47 
 
 
332 aa  66.2  0.0000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  29.77 
 
 
313 aa  65.9  0.0000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  28.23 
 
 
329 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.35 
 
 
322 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 
318 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  29.83 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.02 
 
 
317 aa  63.9  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.31 
 
 
433 aa  63.9  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  27.16 
 
 
342 aa  63.5  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.75 
 
 
324 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.75 
 
 
324 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  29.1 
 
 
344 aa  63.2  0.000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.84 
 
 
328 aa  63.2  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.09 
 
 
454 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.53 
 
 
345 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.86 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.03 
 
 
328 aa  61.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.25 
 
 
316 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.64 
 
 
325 aa  60.8  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.4 
 
 
317 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.16 
 
 
323 aa  61.2  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.1 
 
 
348 aa  60.8  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  28.16 
 
 
317 aa  60.5  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  29.41 
 
 
324 aa  60.1  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.94 
 
 
337 aa  60.1  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.18 
 
 
329 aa  59.7  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  31.03 
 
 
333 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.97 
 
 
306 aa  59.3  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  31.64 
 
 
318 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.4 
 
 
319 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.86 
 
 
356 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  27.2 
 
 
322 aa  58.5  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.71 
 
 
441 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.99 
 
 
371 aa  57.8  0.0000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  27.7 
 
 
319 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  28.06 
 
 
319 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.52 
 
 
315 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>