186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0934 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
308 aa  630  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  79.87 
 
 
310 aa  510  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  52.82 
 
 
310 aa  300  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  49.83 
 
 
306 aa  295  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.37 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.01 
 
 
318 aa  162  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.27 
 
 
316 aa  159  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.34 
 
 
318 aa  155  7e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.27 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.27 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.27 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.27 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  36.27 
 
 
318 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.62 
 
 
317 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.45 
 
 
318 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  34.63 
 
 
317 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.63 
 
 
317 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.92 
 
 
318 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.92 
 
 
318 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  35.92 
 
 
318 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.55 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.33 
 
 
337 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.6 
 
 
651 aa  145  9e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  33.44 
 
 
317 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  34.74 
 
 
316 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.01 
 
 
316 aa  142  6e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.49 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  32.39 
 
 
320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.63 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.09 
 
 
315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.51 
 
 
317 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.36 
 
 
318 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  33.44 
 
 
319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.29 
 
 
312 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.39 
 
 
317 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  33.65 
 
 
319 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  30.04 
 
 
344 aa  135  7.000000000000001e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.04 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.28 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.39 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.37 
 
 
325 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.22 
 
 
329 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.51 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  31.56 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.67 
 
 
329 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 
317 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  29.67 
 
 
316 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.7 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.35 
 
 
317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.4 
 
 
329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  28.72 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.9 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.62 
 
 
371 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  29.64 
 
 
318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  28.72 
 
 
322 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.79 
 
 
317 aa  116  5e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.29 
 
 
329 aa  116  6e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.57 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  26.79 
 
 
328 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  28.81 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  28 
 
 
336 aa  112  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  27.12 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  28 
 
 
336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  27.39 
 
 
323 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.12 
 
 
335 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  29.53 
 
 
351 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.16 
 
 
356 aa  106  5e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.12 
 
 
323 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  26.35 
 
 
324 aa  106  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.67 
 
 
330 aa  105  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 
328 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.35 
 
 
315 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  27.15 
 
 
323 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.62 
 
 
348 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.08 
 
 
323 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.98 
 
 
342 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.52 
 
 
317 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  27.49 
 
 
324 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.49 
 
 
324 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.46 
 
 
349 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  29.43 
 
 
335 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.05 
 
 
335 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.3 
 
 
345 aa  98.6  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  27.55 
 
 
324 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.76 
 
 
342 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  26.46 
 
 
326 aa  98.2  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.76 
 
 
346 aa  97.1  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 
327 aa  96.3  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.06 
 
 
333 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.7 
 
 
332 aa  95.1  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.49 
 
 
319 aa  94.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.61 
 
 
326 aa  94  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.68 
 
 
333 aa  93.6  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.06 
 
 
350 aa  92.4  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 
322 aa  92.8  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2350  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.88 
 
 
325 aa  92.8  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.192031  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  25.62 
 
 
325 aa  92.4  8e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.05 
 
 
325 aa  92  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.6 
 
 
346 aa  91.7  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.36 
 
 
333 aa  91.7  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>