89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0245 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  100 
 
 		 391 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  43.36 
 
 		 361 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  42.99 
 
 		 363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  41.72 
 
 		 367 aa  271  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  41.72 
 
 		 367 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  40.18 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  38.64 
 
 		 387 aa  264  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  37.33 
 
 		 387 aa  252  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  39.17 
 
 		 381 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7227  hypothetical protein  38.11 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  40 
 
 		 423 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  33.24 
 
 		 420 aa  223  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.23 
 
 		 362 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.78 
 
 		 370 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.52 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  32.52 
 
 		 348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  30.63 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  32.01 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.38 
 
 		 366 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  27.27 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 		 358 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  25.74 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.63 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.04 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.07 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  23.89 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.32 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.71 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.23 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.31 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.03 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.73 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  28.57 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.09 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.75 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 		 651 aa  57.8  0.0000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  22.92 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.62 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.33 
 
 		 339 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  23.94 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.58 
 
 		 318 aa  54.7  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.11 
 
 		 319 aa  54.7  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.35 
 
 		 332 aa  54.7  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.43 
 
 		 335 aa  54.3  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.55 
 
 		 350 aa  54.3  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.41 
 
 		 337 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.91 
 
 		 316 aa  52.8  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.89 
 
 		 316 aa  52.4  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 		 348 aa  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.38 
 
 		 316 aa  51.6  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 		 512 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 317 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.05 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.2 
 
 		 317 aa  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.35 
 
 		 346 aa  52  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  23.31 
 
 		 319 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 		 323 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.32 
 
 		 344 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 		 332 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  23.65 
 
 		 312 aa  50.8  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.27 
 
 		 322 aa  50.4  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.12 
 
 		 306 aa  49.7  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.82 
 
 		 318 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  24.73 
 
 		 322 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  23.83 
 
 		 316 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.73 
 
 		 327 aa  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  24.87 
 
 		 310 aa  47.8  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.48 
 
 		 318 aa  47.8  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.65 
 
 		 310 aa  47  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.37 
 
 		 328 aa  46.6  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.12 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 376 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25.25 
 
 		 324 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  24.84 
 
 		 324 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.63 
 
 		 328 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 		 324 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  25.74 
 
 		 318 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.03 
 
 		 326 aa  44.3  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.03 
 
 		 328 aa  44.3  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1043  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 		 327 aa  43.5  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  23.53 
 
 		 323 aa  43.5  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  22.32 
 
 		 317 aa  43.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.32 
 
 		 317 aa  43.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.65 
 
 		 308 aa  43.1  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25.74 
 
 		 318 aa  42.7  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 		 318 aa  42.7  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  26.61 
 
 		 315 aa  42.7  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 		 318 aa  42.7  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>