162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0645 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  100 
 
 
335 aa  675    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  59.7 
 
 
336 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  59.1 
 
 
336 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  58.6 
 
 
342 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  57.61 
 
 
351 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.06 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  34.04 
 
 
317 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.11 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.5 
 
 
329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  32.13 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.82 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.52 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.32 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.82 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.82 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.53 
 
 
315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.76 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.48 
 
 
329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.91 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  31.55 
 
 
319 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  32.19 
 
 
317 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.19 
 
 
317 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.65 
 
 
317 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.63 
 
 
333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  30.6 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  29.77 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  29.77 
 
 
322 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  29.77 
 
 
322 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.54 
 
 
315 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32 
 
 
317 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.55 
 
 
337 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.51 
 
 
322 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.91 
 
 
333 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  31.07 
 
 
323 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.5 
 
 
317 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.19 
 
 
318 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.38 
 
 
651 aa  124  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.46 
 
 
327 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.7 
 
 
317 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.01 
 
 
319 aa  123  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.36 
 
 
318 aa  123  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.12 
 
 
323 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  31.63 
 
 
316 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  30.77 
 
 
318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.9 
 
 
344 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.8 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  27.52 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.43 
 
 
317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  31.21 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  30.33 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.04 
 
 
327 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.43 
 
 
326 aa  119  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  28.93 
 
 
328 aa  119  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.01 
 
 
317 aa  119  7e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.42 
 
 
318 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  31.42 
 
 
318 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.78 
 
 
316 aa  119  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.65 
 
 
317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.08 
 
 
318 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  29.7 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.51 
 
 
349 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.08 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  29.87 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.35 
 
 
328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.01 
 
 
345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.7 
 
 
324 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.7 
 
 
324 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.25 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.3 
 
 
316 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.9 
 
 
346 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.67 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.89 
 
 
338 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.84 
 
 
323 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.19 
 
 
348 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.5 
 
 
344 aa  106  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.75 
 
 
306 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.84 
 
 
332 aa  105  9e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.97 
 
 
348 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.43 
 
 
299 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.36 
 
 
323 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.85 
 
 
342 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  28.43 
 
 
315 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.65 
 
 
335 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.66 
 
 
325 aa  103  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.76 
 
 
317 aa  102  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0619  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.09 
 
 
337 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  30.82 
 
 
322 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.71 
 
 
310 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.9 
 
 
330 aa  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29 
 
 
312 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  28 
 
 
312 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.39 
 
 
329 aa  100  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.43 
 
 
308 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.83 
 
 
328 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.41 
 
 
315 aa  100  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  28.3 
 
 
323 aa  99.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  27.33 
 
 
313 aa  99.4  9e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.94 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.61 
 
 
319 aa  97.4  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.25 
 
 
356 aa  97.1  4e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>