33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6523 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  100 
 
 		 387 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6916  hypothetical protein  44.2 
 
 		 420 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.633643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  38.64 
 
 		 391 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  38.89 
 
 		 363 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  35.08 
 
 		 381 aa  242  7e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  37.28 
 
 		 361 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  39.7 
 
 		 367 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  39.7 
 
 		 367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  35.31 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  36.04 
 
 		 387 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37 
 
 		 370 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  36.23 
 
 		 423 aa  209  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7227  hypothetical protein  33.81 
 
 		 391 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.9 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  30.74 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.26 
 
 		 348 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  28.26 
 
 		 348 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  25.97 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  24.16 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  25 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.83 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  24.74 
 
 		 374 aa  53.9  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  23.69 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.61 
 
 		 308 aa  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.41 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 		 345 aa  47.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.33 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.99 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.89 
 
 		 651 aa  44.7  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.46 
 
 		 512 aa  44.3  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.07 
 
 		 329 aa  43.5  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.17 
 
 		 333 aa  43.5  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>