73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3559 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3559  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  100 
 
 		 357 aa  733    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  56.14 
 
 		 366 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4887  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  51 
 
 		 358 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.393187 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1781  hypothetical protein  51.86 
 
 		 357 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.568147  unclonable  0.000000000964145 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3259  TRAP-type uncharacterized transport system protein, periplasmic component  32.64 
 
 		 374 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.3 
 
 		 348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.3 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  29.25 
 
 		 349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  30.13 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0245  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  25.74 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.4 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2296  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  24.23 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6523  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  25 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.49 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  25.48 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3556  hypothetical protein  23.96 
 
 		 387 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.961167  normal  0.112141 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.3 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0224  hypothetical protein  23.65 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5576  hypothetical protein  25.62 
 
 		 423 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3808  hypothetical protein  23.72 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0064  hypothetical protein  23.03 
 
 		 363 aa  62  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.257348 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.38 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  26.03 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.15 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  24.92 
 
 		 312 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6514  TRAP-type uncharacterized transporter domain-containing protein  24.32 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0948459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1321  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  24.71 
 
 		 362 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5709  hypothetical protein  24.03 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0528  hypothetical protein  23.84 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  25.26 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.89 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.85 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.98 
 
 		 317 aa  55.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.89 
 
 		 328 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.47 
 
 		 346 aa  54.3  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  24.08 
 
 		 351 aa  54.3  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  25.91 
 
 		 318 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 		 329 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.36 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  25.81 
 
 		 325 aa  51.6  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.71 
 
 		 316 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.47 
 
 		 332 aa  51.2  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  26.64 
 
 		 326 aa  51.2  0.00003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.67 
 
 		 512 aa  51.2  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.03 
 
 		 323 aa  50.4  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.47 
 
 		 651 aa  49.7  0.00008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  24.41 
 
 		 336 aa  49.7  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  24.28 
 
 		 459 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.52 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  24.92 
 
 		 336 aa  48.9  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.09 
 
 		 342 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.8 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.51 
 
 		 319 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 		 308 aa  47.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.94 
 
 		 333 aa  47.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.19 
 
 		 326 aa  47.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.22 
 
 		 332 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.41 
 
 		 350 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.96 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  30.87 
 
 		 344 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  28.63 
 
 		 310 aa  46.2  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.96 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.34 
 
 		 335 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  25.6 
 
 		 310 aa  45.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  24.02 
 
 		 324 aa  46.2  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.9 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.49 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.42 
 
 		 371 aa  44.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.23 
 
 		 454 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.73 
 
 		 356 aa  43.9  0.004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.19 
 
 		 319 aa  44.3  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.35 
 
 		 315 aa  42.7  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>