154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0240 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
376 aa  744    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.29 
 
 
329 aa  180  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.82 
 
 
333 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.82 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  34.82 
 
 
316 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.78 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.19 
 
 
335 aa  166  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.73 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  30.5 
 
 
315 aa  129  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.47 
 
 
316 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.49 
 
 
318 aa  122  7e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.95 
 
 
317 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.78 
 
 
324 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.38 
 
 
325 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.65 
 
 
323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.75 
 
 
317 aa  113  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  26.28 
 
 
323 aa  113  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.12 
 
 
327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.3 
 
 
327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.85 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.4 
 
 
325 aa  110  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.48 
 
 
322 aa  109  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  28.98 
 
 
324 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.98 
 
 
324 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  25.32 
 
 
323 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.47 
 
 
322 aa  106  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.08 
 
 
318 aa  106  7e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  24.2 
 
 
328 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  28.43 
 
 
324 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.84 
 
 
317 aa  104  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  23.81 
 
 
322 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  25.24 
 
 
325 aa  103  4e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  23.79 
 
 
324 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  31.02 
 
 
318 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.12 
 
 
326 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.79 
 
 
319 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.44 
 
 
323 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.18 
 
 
330 aa  99.8  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  23.49 
 
 
322 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.97 
 
 
333 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  27.22 
 
 
316 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  25.08 
 
 
344 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  22.98 
 
 
326 aa  95.9  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  28.89 
 
 
322 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 
348 aa  94  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 
317 aa  93.6  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.15 
 
 
651 aa  93.2  7e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  27.39 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.75 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.22 
 
 
317 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.07 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  24.76 
 
 
313 aa  92  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.35 
 
 
319 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
317 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
318 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
318 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  26.75 
 
 
318 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.11 
 
 
318 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.14 
 
 
328 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.14 
 
 
328 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.63 
 
 
316 aa  86.3  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.22 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
454 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 
339 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  29.15 
 
 
317 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.15 
 
 
317 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.33 
 
 
323 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.52 
 
 
349 aa  82.4  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.42 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.65 
 
 
326 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.55 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  25.66 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.5 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.33 
 
 
306 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  25.07 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.28 
 
 
316 aa  79.3  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.77 
 
 
344 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.16 
 
 
318 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.51 
 
 
310 aa  79.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.52 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  27.39 
 
 
323 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.03 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.77 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.15 
 
 
330 aa  78.6  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.05 
 
 
337 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.47 
 
 
317 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.76 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.54 
 
 
329 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.14 
 
 
346 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.21 
 
 
316 aa  75.9  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.87 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.17 
 
 
299 aa  74.3  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.2 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  24.03 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.53 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>