71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2950 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  100 
 
 		 445 aa  881    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  60.99 
 
 		 459 aa  514  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.62 
 
 		 445 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.53 
 
 		 459 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.29 
 
 		 456 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.74 
 
 		 445 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.51 
 
 		 445 aa  435  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  48.53 
 
 		 464 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  43.37 
 
 		 441 aa  350  4e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  39.52 
 
 		 446 aa  296  4e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  38.53 
 
 		 450 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  40.27 
 
 		 496 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  40.27 
 
 		 490 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  41.19 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  39.36 
 
 		 480 aa  265  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  37.36 
 
 		 494 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.38 
 
 		 433 aa  263  4.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.36 
 
 		 480 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  39.13 
 
 		 520 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  39.13 
 
 		 480 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  36.9 
 
 		 497 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  38.55 
 
 		 450 aa  262  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  37.13 
 
 		 451 aa  256  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.44 
 
 		 451 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  37.47 
 
 		 499 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  37.47 
 
 		 499 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  37.47 
 
 		 505 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  37.47 
 
 		 479 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  37.47 
 
 		 479 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  37.47 
 
 		 505 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  37.25 
 
 		 723 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  35.4 
 
 		 446 aa  246  4.9999999999999997e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  37.12 
 
 		 445 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.15 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  37.56 
 
 		 508 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.15 
 
 		 433 aa  243  7e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.34 
 
 		 457 aa  239  5e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  33.63 
 
 		 451 aa  239  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  33.85 
 
 		 451 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  34.57 
 
 		 460 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.85 
 
 		 470 aa  230  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  35.17 
 
 		 444 aa  224  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.56 
 
 		 446 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.46 
 
 		 459 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.24 
 
 		 456 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.17 
 
 		 446 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.92 
 
 		 308 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.05 
 
 		 454 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.75 
 
 		 318 aa  59.7  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.81 
 
 		 342 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.73 
 
 		 330 aa  55.1  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.41 
 
 		 323 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.99 
 
 		 320 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.55 
 
 		 322 aa  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.51 
 
 		 376 aa  49.7  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.66 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.81 
 
 		 333 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.65 
 
 		 332 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.75 
 
 		 348 aa  47.8  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 		 651 aa  46.6  0.0008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 		 512 aa  45.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.62 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.77 
 
 		 316 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.04 
 
 		 315 aa  45.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  28.8 
 
 		 342 aa  45.1  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.81 
 
 		 329 aa  44.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.38 
 
 		 316 aa  44.3  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.9 
 
 		 325 aa  44.3  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  30.5 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.93 
 
 		 299 aa  43.1  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>