176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3362 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
332 aa  625  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  59.04 
 
 
320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.36 
 
 
317 aa  94  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.71 
 
 
329 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.3 
 
 
325 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.24 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.24 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.24 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.24 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.44 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  27.55 
 
 
319 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  28.96 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.85 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.94 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.94 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25.94 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.55 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.17 
 
 
339 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.22 
 
 
318 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.23 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.22 
 
 
332 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.67 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.69 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.71 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.82 
 
 
316 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.65 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.08 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.48 
 
 
454 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.17 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.51 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.75 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.75 
 
 
348 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.36 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  24.54 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.43 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  26.36 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  24.19 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  29.27 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022197  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.19 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.08 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  25.23 
 
 
335 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  24.3 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  25.64 
 
 
323 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  25.09 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1087  TRAP transporter solute receptor  26.89 
 
 
319 aa  64.3  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.939177  normal  0.337295 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.19 
 
 
326 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.68 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.38 
 
 
318 aa  64.7  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  24.03 
 
 
322 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.42 
 
 
342 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.49 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.35 
 
 
333 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.81 
 
 
464 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.13 
 
 
330 aa  63.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.61 
 
 
446 aa  63.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  24.49 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.25 
 
 
295 aa  63.2  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  29.05 
 
 
316 aa  63.2  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.91 
 
 
329 aa  62.8  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  23.68 
 
 
336 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  22.74 
 
 
336 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.89 
 
 
333 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25.1 
 
 
324 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.83 
 
 
333 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1880  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.37 
 
 
317 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.460702  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.89 
 
 
319 aa  60.5  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.64 
 
 
323 aa  60.1  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.19 
 
 
328 aa  60.1  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  23.77 
 
 
351 aa  60.1  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.52 
 
 
327 aa  59.7  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.31 
 
 
342 aa  59.7  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.58 
 
 
310 aa  59.7  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.63 
 
 
322 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.83 
 
 
308 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  23.64 
 
 
322 aa  59.3  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.48 
 
 
329 aa  58.5  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.52 
 
 
445 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  22.81 
 
 
323 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.53 
 
 
307 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  32.95 
 
 
459 aa  57.4  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.78 
 
 
354 aa  57  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.32 
 
 
317 aa  57  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.87 
 
 
323 aa  56.6  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.88 
 
 
317 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  22.01 
 
 
323 aa  56.2  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.94 
 
 
299 aa  56.2  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.82 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.19 
 
 
446 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.99 
 
 
338 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  24.69 
 
 
342 aa  55.1  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.11 
 
 
371 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.45 
 
 
356 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  30.84 
 
 
354 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>