134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5501 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  72.04 
 
 
451 aa  639    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
446 aa  909    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  70.78 
 
 
447 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  70.59 
 
 
460 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.69 
 
 
441 aa  324  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  33.55 
 
 
459 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.07 
 
 
490 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.96 
 
 
496 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.76 
 
 
445 aa  241  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.25 
 
 
446 aa  239  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  35.5 
 
 
480 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.5 
 
 
480 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  35.5 
 
 
520 aa  239  9e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  33.41 
 
 
494 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.27 
 
 
480 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  36.23 
 
 
446 aa  236  5.0000000000000005e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  32.81 
 
 
497 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.41 
 
 
475 aa  236  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  34.9 
 
 
508 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.4 
 
 
459 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  32.61 
 
 
445 aa  228  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.92 
 
 
433 aa  223  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  33.77 
 
 
499 aa  222  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  33.77 
 
 
499 aa  222  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  34.8 
 
 
479 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  33.77 
 
 
505 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  34.8 
 
 
479 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  34.8 
 
 
723 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  33.77 
 
 
505 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.06 
 
 
445 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.82 
 
 
445 aa  219  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.13 
 
 
456 aa  217  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  31.88 
 
 
445 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  32.71 
 
 
450 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.48 
 
 
433 aa  212  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.17 
 
 
464 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.33 
 
 
451 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  33.33 
 
 
444 aa  209  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.27 
 
 
470 aa  207  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.25 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.68 
 
 
459 aa  200  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  30.68 
 
 
451 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  30.68 
 
 
451 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.19 
 
 
456 aa  184  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.07 
 
 
457 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.67 
 
 
317 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.02 
 
 
446 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.83 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.97 
 
 
337 aa  74.3  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.64 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.24 
 
 
322 aa  72  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.91 
 
 
454 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.81 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.7 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.67 
 
 
327 aa  69.7  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  25.33 
 
 
325 aa  68.6  0.0000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
330 aa  67  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  27.27 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.27 
 
 
338 aa  66.6  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 
317 aa  65.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.27 
 
 
327 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
323 aa  64.7  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.08 
 
 
322 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25.84 
 
 
324 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  23.47 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  26.69 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.69 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  25.57 
 
 
323 aa  62.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.91 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  23.96 
 
 
323 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.23 
 
 
335 aa  61.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  25.61 
 
 
322 aa  60.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.99 
 
 
323 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  23.92 
 
 
322 aa  60.1  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  23.92 
 
 
322 aa  59.3  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  23.23 
 
 
326 aa  58.5  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.28 
 
 
651 aa  57.4  0.0000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.95 
 
 
323 aa  57.4  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.05 
 
 
339 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.38 
 
 
329 aa  56.6  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.51 
 
 
328 aa  56.2  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.28 
 
 
332 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  24.1 
 
 
328 aa  55.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.12 
 
 
326 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.29 
 
 
318 aa  55.1  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.66 
 
 
320 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.14 
 
 
316 aa  53.9  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.7 
 
 
319 aa  53.5  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.22 
 
 
308 aa  53.9  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.9 
 
 
324 aa  53.1  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.36 
 
 
306 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.31 
 
 
512 aa  52.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.98 
 
 
318 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  26.38 
 
 
313 aa  52.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.22 
 
 
317 aa  50.8  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 
348 aa  51.2  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.12 
 
 
317 aa  50.8  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  24.71 
 
 
312 aa  50.4  0.00007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  26.01 
 
 
333 aa  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>