106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1250 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.87 
 
 
456 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
445 aa  895    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  65.83 
 
 
459 aa  587  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  67.73 
 
 
445 aa  587  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  67.28 
 
 
445 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  53.62 
 
 
445 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  54.28 
 
 
459 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  55.38 
 
 
464 aa  448  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.51 
 
 
441 aa  331  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  38.62 
 
 
446 aa  292  8e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.56 
 
 
496 aa  272  9e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.56 
 
 
490 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  37.64 
 
 
450 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  38.32 
 
 
475 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  37.87 
 
 
499 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  37.87 
 
 
499 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  37.87 
 
 
505 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  37.87 
 
 
505 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  37.87 
 
 
479 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  37.87 
 
 
479 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  36.99 
 
 
497 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  37.47 
 
 
450 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  36.88 
 
 
480 aa  263  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  37.53 
 
 
508 aa  263  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.88 
 
 
480 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  37.1 
 
 
723 aa  262  8e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  36.88 
 
 
520 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.88 
 
 
480 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  35.93 
 
 
494 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  36.93 
 
 
451 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.92 
 
 
447 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.74 
 
 
451 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  34.35 
 
 
446 aa  246  9e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  34.35 
 
 
445 aa  245  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.71 
 
 
457 aa  240  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  36.05 
 
 
444 aa  240  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  32.57 
 
 
451 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  32.35 
 
 
451 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  32.24 
 
 
460 aa  232  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.72 
 
 
446 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.41 
 
 
433 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.15 
 
 
456 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.48 
 
 
470 aa  212  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.41 
 
 
459 aa  209  9e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.45 
 
 
433 aa  202  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.15 
 
 
446 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.03 
 
 
323 aa  65.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.55 
 
 
323 aa  63.2  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.59 
 
 
333 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.6 
 
 
315 aa  63.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.82 
 
 
324 aa  60.8  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.06 
 
 
330 aa  59.3  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.61 
 
 
338 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.99 
 
 
330 aa  57.8  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.24 
 
 
454 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  28.41 
 
 
323 aa  57.4  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.26 
 
 
318 aa  57  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  27.84 
 
 
323 aa  57  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  25.86 
 
 
324 aa  56.6  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.79 
 
 
320 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.7 
 
 
322 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  26.44 
 
 
328 aa  55.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.7 
 
 
322 aa  55.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.77 
 
 
322 aa  55.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.97 
 
 
342 aa  55.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.32 
 
 
463 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.7 
 
 
308 aa  54.3  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.63 
 
 
329 aa  53.9  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.99 
 
 
326 aa  53.5  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.54 
 
 
317 aa  53.5  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.37 
 
 
327 aa  52.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.52 
 
 
332 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.67 
 
 
307 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  23.79 
 
 
316 aa  51.6  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.74 
 
 
329 aa  50.8  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  25.54 
 
 
324 aa  50.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.01 
 
 
326 aa  50.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.54 
 
 
324 aa  50.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.61 
 
 
328 aa  50.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.73 
 
 
322 aa  50.4  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1145  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  22.03 
 
 
396 aa  50.4  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.97631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.7 
 
 
318 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.83 
 
 
325 aa  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.21 
 
 
335 aa  48.5  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
651 aa  48.5  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25 
 
 
324 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.3 
 
 
323 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.9 
 
 
299 aa  47  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 
348 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.79 
 
 
342 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  26.63 
 
 
348 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.26 
 
 
316 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  19.92 
 
 
325 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.22 
 
 
342 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.22 
 
 
348 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  23.66 
 
 
322 aa  45.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.11 
 
 
348 aa  44.3  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  23.44 
 
 
453 aa  44.3  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3359  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.26 
 
 
366 aa  43.9  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  hitchhiker  0.000000000800909 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.16 
 
 
332 aa  43.9  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>