121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3678 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
464 aa  929    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.53 
 
 
459 aa  520  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.36 
 
 
445 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.13 
 
 
445 aa  502  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  56.57 
 
 
445 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  52.42 
 
 
456 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  51.45 
 
 
459 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  49.32 
 
 
445 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.46 
 
 
441 aa  343  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.19 
 
 
490 aa  259  8e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.19 
 
 
496 aa  259  8e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  36.88 
 
 
497 aa  256  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.8 
 
 
446 aa  256  8e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.19 
 
 
480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  37.13 
 
 
494 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  37.19 
 
 
520 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.68 
 
 
480 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  36.51 
 
 
480 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.73 
 
 
475 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  36.45 
 
 
446 aa  248  1e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  34.57 
 
 
450 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.85 
 
 
451 aa  243  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.31 
 
 
447 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.27 
 
 
433 aa  238  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  36.17 
 
 
450 aa  237  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  35.21 
 
 
499 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  35.08 
 
 
508 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  35.21 
 
 
479 aa  236  7e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  35.21 
 
 
505 aa  236  7e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  35.21 
 
 
479 aa  236  7e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  35.21 
 
 
499 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  35.21 
 
 
505 aa  236  7e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  35.21 
 
 
723 aa  236  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.99 
 
 
457 aa  232  9e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.79 
 
 
446 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  33.73 
 
 
460 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  33.71 
 
 
444 aa  226  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.78 
 
 
470 aa  222  9e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  31.67 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  32.29 
 
 
445 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  30.77 
 
 
451 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.22 
 
 
459 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.03 
 
 
451 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.76 
 
 
456 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.54 
 
 
433 aa  203  5e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.32 
 
 
446 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.64 
 
 
318 aa  79.7  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  31.19 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.56 
 
 
307 aa  67.8  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.83 
 
 
299 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.93 
 
 
330 aa  64.3  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.4 
 
 
339 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.29 
 
 
332 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.21 
 
 
308 aa  62.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.59 
 
 
651 aa  62.8  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.94 
 
 
315 aa  60.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.81 
 
 
329 aa  60.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.91 
 
 
316 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.46 
 
 
346 aa  59.7  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.31 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.95 
 
 
332 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  26.37 
 
 
324 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.37 
 
 
324 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.48 
 
 
325 aa  57  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.52 
 
 
323 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  23.94 
 
 
322 aa  55.8  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.67 
 
 
325 aa  55.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.56 
 
 
333 aa  55.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  23.55 
 
 
322 aa  54.7  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.98 
 
 
348 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.6 
 
 
329 aa  54.3  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.34 
 
 
320 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.73 
 
 
342 aa  53.5  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.4 
 
 
348 aa  53.1  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  24.81 
 
 
324 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.36 
 
 
453 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  24.8 
 
 
344 aa  52.8  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.8 
 
 
322 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  25 
 
 
316 aa  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.64 
 
 
316 aa  52.4  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  23.55 
 
 
324 aa  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.31 
 
 
454 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.15 
 
 
317 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  24.88 
 
 
351 aa  50.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.26 
 
 
317 aa  50.4  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.23 
 
 
324 aa  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.73 
 
 
315 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.16 
 
 
318 aa  49.3  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.93 
 
 
344 aa  49.3  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.63 
 
 
333 aa  49.3  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.87 
 
 
453 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  21.24 
 
 
325 aa  48.5  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.11 
 
 
329 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  24.87 
 
 
323 aa  48.9  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.18 
 
 
330 aa  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  29.53 
 
 
317 aa  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.07 
 
 
323 aa  47.8  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.45 
 
 
326 aa  47.4  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  22.37 
 
 
319 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  25 
 
 
323 aa  47.4  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>