More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1990 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1990  small GTP-binding protein  100 
 
 		 411 aa  834    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  32.88 
 
 		 459 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  30.92 
 
 		 461 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  29.73 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  30.35 
 
 		 458 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  30.29 
 
 		 462 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  29.81 
 
 		 458 aa  136  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  30.54 
 
 		 458 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  29.88 
 
 		 458 aa  134  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  30.19 
 
 		 458 aa  133  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  27.79 
 
 		 460 aa  133  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  31.38 
 
 		 461 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  28.65 
 
 		 462 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  34.35 
 
 		 456 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  31.52 
 
 		 461 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  27.57 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  28.84 
 
 		 458 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  28.57 
 
 		 447 aa  126  9e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  31.5 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  28.42 
 
 		 458 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  30.81 
 
 		 456 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  28.65 
 
 		 458 aa  125  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  28.05 
 
 		 455 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  28.42 
 
 		 458 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  26.52 
 
 		 441 aa  125  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  30.15 
 
 		 462 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  29.5 
 
 		 461 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  28.99 
 
 		 463 aa  124  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  29.08 
 
 		 458 aa  124  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  29.72 
 
 		 464 aa  123  5e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  29.3 
 
 		 473 aa  123  6e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  29.71 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  28.99 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  28.14 
 
 		 456 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  29.06 
 
 		 455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  28.74 
 
 		 455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  29.93 
 
 		 461 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2599  tRNA modification GTPase TrmE  28.89 
 
 		 470 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.652843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  28.93 
 
 		 458 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  32.78 
 
 		 473 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  28.05 
 
 		 461 aa  119  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  29.26 
 
 		 460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3159  tRNA modification GTPase TrmE  29.19 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  29.26 
 
 		 460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  29.66 
 
 		 454 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  27.5 
 
 		 450 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0375  tRNA modification GTPase TrmE  25.84 
 
 		 459 aa  117  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  29.12 
 
 		 473 aa  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  29.12 
 
 		 452 aa  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2453  tRNA modification GTPase TrmE  30.91 
 
 		 450 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  29.74 
 
 		 456 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  29.74 
 
 		 456 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  29.22 
 
 		 473 aa  116  6e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  29.63 
 
 		 456 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  26.57 
 
 		 459 aa  116  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  26.57 
 
 		 459 aa  116  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  30 
 
 		 458 aa  115  8.999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  25.86 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  27.61 
 
 		 450 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  28.41 
 
 		 454 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3656  tRNA modification GTPase TrmE  30.58 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0478  tRNA modification GTPase TrmE  32.13 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  24.57 
 
 		 452 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2136  tRNA modification GTPase TrmE  31.82 
 
 		 451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  28.79 
 
 		 467 aa  114  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  28.11 
 
 		 444 aa  114  5e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  28.61 
 
 		 460 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  27.46 
 
 		 460 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  26.29 
 
 		 461 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  26.3 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  29.21 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0680  tRNA modification GTPase TrmE  28.22 
 
 		 438 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000180906  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  35.25 
 
 		 449 aa  111  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  27.39 
 
 		 456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  27 
 
 		 446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02071  tRNA modification GTPase TrmE  28.11 
 
 		 455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.828373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  29.92 
 
 		 455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  27.71 
 
 		 455 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0884  tRNA modification GTPase TrmE  30.03 
 
 		 452 aa  111  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  33.8 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  30.11 
 
 		 456 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  30.03 
 
 		 456 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  28.05 
 
 		 437 aa  109  7.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  41.77 
 
 		 448 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  30.79 
 
 		 455 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1915  tRNA modification GTPase TrmE  31.21 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.410866  normal  0.314403 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  28.91 
 
 		 468 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2254  tRNA modification GTPase TrmE  31.96 
 
 		 436 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.9716  normal  0.222751 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  31.06 
 
 		 455 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  30.19 
 
 		 478 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  28.9 
 
 		 464 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  28.88 
 
 		 462 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  28.9 
 
 		 476 aa  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>