More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0089 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 455 aa  907    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  57.64 
 
 		 458 aa  507  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  55.8 
 
 		 460 aa  482  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  55.04 
 
 		 455 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  55.48 
 
 		 456 aa  457  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  50.97 
 
 		 472 aa  448  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  52.11 
 
 		 461 aa  442  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  50.21 
 
 		 469 aa  442  1e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  51.83 
 
 		 466 aa  437  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  46.15 
 
 		 518 aa  382  1e-105  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  43.17 
 
 		 456 aa  365  1e-100  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  41.63 
 
 		 473 aa  363  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  41.52 
 
 		 473 aa  362  6e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 476 aa  362  1e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  41.85 
 
 		 473 aa  347  2e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  43.72 
 
 		 462 aa  346  5e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  43.23 
 
 		 458 aa  345  8e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  43.23 
 
 		 458 aa  345  8.999999999999999e-94  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  41.89 
 
 		 475 aa  345  8.999999999999999e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 455 aa  344  2e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  41.45 
 
 		 458 aa  335  1e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 		 462 aa  334  2e-90  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 473 aa  334  2e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 461 aa  334  2e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 458 aa  333  4e-90  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  39.69 
 
 		 455 aa  329  8e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.56 
 
 		 455 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 		 458 aa  327  3e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  39.35 
 
 		 473 aa  327  3e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 458 aa  326  6e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  39.69 
 
 		 458 aa  325  9e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  39.69 
 
 		 458 aa  325  1e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 460 aa  324  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  40.39 
 
 		 461 aa  323  4e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  39.12 
 
 		 458 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  42 
 
 		 462 aa  321  9.999999999999999e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  39.12 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 463 aa  318  9e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 		 444 aa  318  2e-85  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  38.96 
 
 		 459 aa  318  2e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 461 aa  317  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 459 aa  316  6e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 455 aa  316  6e-85  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  41.28 
 
 		 454 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  39.65 
 
 		 460 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 456 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 		 455 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  38.04 
 
 		 455 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  39.13 
 
 		 462 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  38.21 
 
 		 458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  36.8 
 
 		 461 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 447 aa  302  6.000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  38.99 
 
 		 456 aa  301  2e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 450 aa  300  4e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  39.24 
 
 		 464 aa  298  1e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 459 aa  297  3e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 459 aa  297  3e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 463 aa  296  4e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1260  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 449 aa  293  3e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  38.31 
 
 		 437 aa  294  3e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 461 aa  293  4e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 459 aa  291  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 456 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  38.03 
 
 		 465 aa  290  4e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 446 aa  289  6e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 450 aa  289  9e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  38 
 
 		 446 aa  288  1e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 456 aa  288  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  38.61 
 
 		 471 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 455 aa  286  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 464 aa  286  5.999999999999999e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  37.2 
 
 		 460 aa  286  5.999999999999999e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  38.17 
 
 		 478 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 467 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 455 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  38.49 
 
 		 469 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 		 478 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2254  tRNA modification GTPase TrmE  35.49 
 
 		 436 aa  283  4.0000000000000003e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.9716  normal  0.222751 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 464 aa  282  1e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 486 aa  281  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.91 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  38.96 
 
 		 444 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 448 aa  280  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0117  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 455 aa  280  3e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.68 
 
 		 455 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.7 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.7 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  279  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 456 aa  279  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>