More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2316 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 456 aa  914    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  59.11 
 
 		 460 aa  527  1e-148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  56.95 
 
 		 461 aa  509  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  54.58 
 
 		 469 aa  475  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  53.45 
 
 		 472 aa  475  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  53.08 
 
 		 455 aa  473  1e-132  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  53.36 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  55.48 
 
 		 455 aa  472  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  55.36 
 
 		 466 aa  462  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  40.38 
 
 		 476 aa  368  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  44.81 
 
 		 462 aa  365  1e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 473 aa  363  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  44.42 
 
 		 518 aa  358  9e-98  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  41.85 
 
 		 473 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 473 aa  342  7e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 		 473 aa  340  2e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 473 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 458 aa  335  1e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  42.89 
 
 		 456 aa  332  7.000000000000001e-90  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  40.34 
 
 		 475 aa  328  9e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  41 
 
 		 459 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  41 
 
 		 462 aa  325  8.000000000000001e-88  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 462 aa  325  9e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 455 aa  325  1e-87  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  40.65 
 
 		 460 aa  324  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 458 aa  323  3e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 461 aa  323  3e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 458 aa  323  3e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 458 aa  321  9.999999999999999e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  39.57 
 
 		 458 aa  320  3e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 458 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  40.13 
 
 		 458 aa  319  7e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  40.13 
 
 		 458 aa  319  7e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 458 aa  316  4e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 458 aa  315  8e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 461 aa  315  8e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 459 aa  312  6.999999999999999e-84  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  38.1 
 
 		 461 aa  312  6.999999999999999e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  39.05 
 
 		 454 aa  309  5.9999999999999995e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  37.26 
 
 		 461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 459 aa  306  3e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 458 aa  306  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 455 aa  307  3e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 459 aa  306  3e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  37.74 
 
 		 455 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  40.88 
 
 		 456 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  39.32 
 
 		 461 aa  303  5.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 455 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  36.5 
 
 		 463 aa  301  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 456 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 457 aa  300  3e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  38.84 
 
 		 462 aa  300  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 464 aa  297  3e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 460 aa  296  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 460 aa  296  4e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 459 aa  296  6e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 450 aa  294  2e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  39.53 
 
 		 455 aa  294  3e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  38.48 
 
 		 458 aa  293  3e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 460 aa  293  6e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3656  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 460 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 450 aa  291  1e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 464 aa  290  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 463 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  35.99 
 
 		 467 aa  290  4e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  39.06 
 
 		 460 aa  288  1e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 446 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  38.23 
 
 		 456 aa  288  2e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  36.85 
 
 		 478 aa  286  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  38.2 
 
 		 462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  35.57 
 
 		 462 aa  282  7.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  37.67 
 
 		 475 aa  282  8.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  35.99 
 
 		 458 aa  282  8.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  37.74 
 
 		 455 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 478 aa  279  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.21 
 
 		 456 aa  278  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 455 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  36.66 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 455 aa  276  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 459 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.73 
 
 		 452 aa  277  4e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  37.56 
 
 		 461 aa  277  4e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 456 aa  276  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  37.66 
 
 		 452 aa  276  7e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  35.65 
 
 		 454 aa  276  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  36.12 
 
 		 469 aa  275  9e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 464 aa  275  9e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  33.62 
 
 		 461 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  36.23 
 
 		 453 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 		 447 aa  274  3e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>