More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1904 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 472 aa  951    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  57.51 
 
 		 469 aa  530  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  57.51 
 
 		 466 aa  506  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  54.78 
 
 		 460 aa  500  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  54 
 
 		 461 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  53.45 
 
 		 456 aa  462  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  49.68 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  50.97 
 
 		 455 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  46.9 
 
 		 455 aa  423  1e-117  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  45.94 
 
 		 518 aa  386  1e-106  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 473 aa  352  1e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  42.16 
 
 		 462 aa  347  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  42.14 
 
 		 473 aa  343  4e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 476 aa  340  2.9999999999999998e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  40.72 
 
 		 473 aa  334  2e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  41.49 
 
 		 475 aa  334  2e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 458 aa  332  1e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 458 aa  331  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 473 aa  330  4e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 		 473 aa  324  2e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  38.35 
 
 		 459 aa  323  4e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  37.95 
 
 		 456 aa  321  9.999999999999999e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  38.64 
 
 		 461 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  38.71 
 
 		 459 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  40.46 
 
 		 462 aa  319  7e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 455 aa  313  3.9999999999999997e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 461 aa  312  7.999999999999999e-84  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 461 aa  310  5e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 462 aa  309  6.999999999999999e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  39.57 
 
 		 456 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 463 aa  308  2.0000000000000002e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.61 
 
 		 455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  37.1 
 
 		 458 aa  306  7e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  35.99 
 
 		 455 aa  305  2.0000000000000002e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  38.09 
 
 		 458 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 460 aa  302  9e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  38.35 
 
 		 461 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.66 
 
 		 458 aa  301  1e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 454 aa  302  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  36.31 
 
 		 454 aa  301  1e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  37.08 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  37.08 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  37.08 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  37.08 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  37.08 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 458 aa  299  9e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  38 
 
 		 462 aa  299  9e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 456 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.98 
 
 		 450 aa  298  1e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 458 aa  298  1e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  37.55 
 
 		 455 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 478 aa  296  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 456 aa  296  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 455 aa  296  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  36.58 
 
 		 456 aa  296  8e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  37.29 
 
 		 458 aa  296  8e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  37.63 
 
 		 458 aa  295  1e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.21 
 
 		 456 aa  295  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  39.29 
 
 		 463 aa  294  2e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 		 450 aa  293  3e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 447 aa  293  3e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  41.01 
 
 		 456 aa  293  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  38.11 
 
 		 458 aa  293  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 455 aa  293  6e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  38.91 
 
 		 461 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.1 
 
 		 462 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  38.38 
 
 		 455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  36.25 
 
 		 461 aa  289  8e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  38.03 
 
 		 446 aa  289  9e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 444 aa  288  2e-76  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 		 460 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  35.24 
 
 		 455 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  35.26 
 
 		 459 aa  286  5.999999999999999e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  35.34 
 
 		 465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 464 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  36.67 
 
 		 456 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  36.79 
 
 		 455 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  38.27 
 
 		 464 aa  283  4.0000000000000003e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 460 aa  283  5.000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 455 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  36.67 
 
 		 456 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.25 
 
 		 456 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  36.25 
 
 		 456 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 458 aa  280  4e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  37.26 
 
 		 475 aa  280  4e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 467 aa  280  4e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 460 aa  279  8e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  35.41 
 
 		 454 aa  278  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 457 aa  278  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  36.19 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 460 aa  278  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  34.49 
 
 		 478 aa  278  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>