123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2411 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2411  outer membrane efflux protein  100 
 
 
458 aa  901    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562073  normal  0.134585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2887  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.92 
 
 
469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  0.13847 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2906  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.92 
 
 
469 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2905  type I secretion outer membrane protein TolC family  28.92 
 
 
469 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.488456 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3018  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.92 
 
 
469 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.384034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3120  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.17 
 
 
467 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.893346  normal  0.154573 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4602  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.5 
 
 
444 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0844  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.77 
 
 
478 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0829  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.4 
 
 
478 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.461433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0805  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.4 
 
 
478 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4381  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.47 
 
 
477 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108825  normal  0.496475 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.3 
 
 
609 aa  87.8  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2168  outer membrane efflux protein  26.4 
 
 
459 aa  83.6  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.280294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.46 
 
 
470 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.83 
 
 
470 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0993  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.79 
 
 
475 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.34 
 
 
470 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.01 
 
 
472 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  23.36 
 
 
451 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.99 
 
 
636 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  24.62 
 
 
436 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3710  outer membrane efflux protein  24.93 
 
 
564 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.64 
 
 
468 aa  65.5  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.62 
 
 
633 aa  64.3  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  23.33 
 
 
469 aa  61.6  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  27.68 
 
 
476 aa  60.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.92 
 
 
475 aa  60.8  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.34 
 
 
472 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.63 
 
 
480 aa  60.1  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.96 
 
 
484 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05071  putative outer membrane efflux transmembrane protein  24.29 
 
 
483 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.485043  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2883  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.11 
 
 
442 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170075  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  22.28 
 
 
425 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.88 
 
 
658 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.3 
 
 
472 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.88 
 
 
607 aa  56.6  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  22.28 
 
 
425 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  25.07 
 
 
436 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.76 
 
 
456 aa  55.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  26.61 
 
 
480 aa  54.7  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.03 
 
 
467 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.48 
 
 
478 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  23.73 
 
 
425 aa  54.3  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.96 
 
 
453 aa  53.9  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0057  outer membrane protein, putative  25.84 
 
 
470 aa  53.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.29 
 
 
496 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.29 
 
 
496 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.73 
 
 
471 aa  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.43 
 
 
469 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3679  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  21.9 
 
 
467 aa  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.48 
 
 
471 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  22.19 
 
 
452 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.12 
 
 
472 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.31 
 
 
474 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  23.96 
 
 
511 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  23.93 
 
 
738 aa  51.6  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.43 
 
 
473 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.43 
 
 
473 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.87 
 
 
450 aa  50.4  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.41 
 
 
472 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.32 
 
 
480 aa  50.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  22.72 
 
 
443 aa  50.4  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.7 
 
 
471 aa  50.4  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.7 
 
 
471 aa  50.4  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  20.92 
 
 
562 aa  50.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  22.54 
 
 
492 aa  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.41 
 
 
472 aa  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.71 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.35 
 
 
497 aa  49.7  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0908  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.35 
 
 
455 aa  49.3  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.52 
 
 
474 aa  48.5  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  22.78 
 
 
491 aa  48.9  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.24 
 
 
494 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.7 
 
 
452 aa  48.9  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.48 
 
 
579 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.89 
 
 
451 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.94 
 
 
442 aa  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.87 
 
 
450 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.07 
 
 
483 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.57 
 
 
579 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.96 
 
 
450 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0323  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25 
 
 
496 aa  47.8  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.501802  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.22 
 
 
482 aa  47.8  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0054  outer membrane efflux protein  22.28 
 
 
520 aa  47.8  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.906913  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3453  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 
432 aa  47.8  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.98 
 
 
452 aa  47.8  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.5 
 
 
477 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.22 
 
 
509 aa  46.6  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.95 
 
 
510 aa  46.6  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  22 
 
 
470 aa  46.6  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.35 
 
 
470 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  21.79 
 
 
486 aa  46.6  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.6 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.19 
 
 
477 aa  46.6  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.07 
 
 
442 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.06 
 
 
503 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3466  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.89 
 
 
461 aa  46.6  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  25.75 
 
 
520 aa  45.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.73 
 
 
471 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.1 
 
 
486 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>