More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4602 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4602  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 444 aa  871    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0829  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.67 
 
 		 478 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.461433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0805  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.67 
 
 		 478 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4381  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.02 
 
 		 477 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108825  normal  0.496475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0844  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.02 
 
 		 478 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2906  type I secretion outer membrane protein, TolC family  38.97 
 
 		 469 aa  246  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2905  type I secretion outer membrane protein TolC family  38.97 
 
 		 469 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.488456 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2887  type I secretion outer membrane protein, TolC family  39.2 
 
 		 469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  0.13847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3018  type I secretion outer membrane protein, TolC family  38.73 
 
 		 469 aa  243  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.384034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3120  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.02 
 
 		 467 aa  239  9e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.893346  normal  0.154573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2168  outer membrane efflux protein  36.95 
 
 		 459 aa  180  5.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280294 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  31.34 
 
 		 451 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2411  outer membrane efflux protein  28.61 
 
 		 458 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562073  normal  0.134585 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.26 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  29.11 
 
 		 425 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  27.92 
 
 		 425 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0993  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.68 
 
 		 475 aa  108  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.05 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.43 
 
 		 442 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.81 
 
 		 450 aa  95.9  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.49 
 
 		 452 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.25 
 
 		 452 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.67 
 
 		 437 aa  93.2  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.25 
 
 		 452 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.8 
 
 		 566 aa  90.5  5e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.63 
 
 		 450 aa  90.9  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.39 
 
 		 472 aa  90.5  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3710  outer membrane efflux protein  25.19 
 
 		 564 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.09 
 
 		 501 aa  83.6  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.43 
 
 		 441 aa  83.2  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  25.35 
 
 		 445 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.3 
 
 		 456 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.29 
 
 		 456 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.64 
 
 		 457 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.83 
 
 		 451 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.27 
 
 		 484 aa  80.5  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.62 
 
 		 489 aa  80.5  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  23.33 
 
 		 559 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.83 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  27.82 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.04 
 
 		 658 aa  79.7  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.04 
 
 		 607 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.28 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.37 
 
 		 452 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0054  outer membrane efflux protein  29.09 
 
 		 520 aa  79  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.906913  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.25 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.05 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  21.6 
 
 		 574 aa  76.6  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.75 
 
 		 470 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.2 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.21 
 
 		 463 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  21.5 
 
 		 574 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.75 
 
 		 476 aa  74.7  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.4 
 
 		 553 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  24.26 
 
 		 469 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.3 
 
 		 483 aa  72.4  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2845  outer membrane efflux protein  23.5 
 
 		 447 aa  72.8  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.627274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.41 
 
 		 472 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.04 
 
 		 518 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  25 
 
 		 461 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.88 
 
 		 466 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.49 
 
 		 450 aa  72.4  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.4 
 
 		 471 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.15 
 
 		 450 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  22.84 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.75 
 
 		 464 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.14 
 
 		 636 aa  70.9  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.51 
 
 		 471 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.51 
 
 		 471 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.73 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.75 
 
 		 609 aa  69.7  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05071  putative outer membrane efflux transmembrane protein  23.8 
 
 		 483 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.485043  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.09 
 
 		 456 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  25.56 
 
 		 419 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.29 
 
 		 471 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.26 
 
 		 460 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.81 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.18 
 
 		 497 aa  68.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.01 
 
 		 443 aa  68.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.82 
 
 		 464 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.2 
 
 		 451 aa  68.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.02 
 
 		 488 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.4 
 
 		 538 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  26.79 
 
 		 426 aa  67  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.32 
 
 		 490 aa  67  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0057  outer membrane protein, putative  24.53 
 
 		 470 aa  67  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  25.18 
 
 		 452 aa  66.6  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.5 
 
 		 633 aa  66.6  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.35 
 
 		 494 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.34 
 
 		 455 aa  66.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.08 
 
 		 471 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  25.77 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.77 
 
 		 498 aa  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.1 
 
 		 450 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25 
 
 		 472 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.45 
 
 		 472 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  24.24 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  27.3 
 
 		 479 aa  66.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  24.94 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  26.8 
 
 		 492 aa  65.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>