More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0844 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0844  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 
478 aa  956    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0805  TolC family type I secretion outer membrane protein  96.23 
 
 
478 aa  869    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0829  TolC family type I secretion outer membrane protein  96.23 
 
 
478 aa  869    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.461433 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4381  TolC family type I secretion outer membrane protein  87.66 
 
 
477 aa  817    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108825  normal  0.496475 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2905  type I secretion outer membrane protein TolC family  47.33 
 
 
469 aa  359  8e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.488456 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2906  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.09 
 
 
469 aa  358  9e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2887  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.33 
 
 
469 aa  357  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  0.13847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3018  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.09 
 
 
469 aa  356  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.384034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3120  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.92 
 
 
467 aa  352  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.893346  normal  0.154573 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4602  type I secretion outer membrane protein, TolC family  46.02 
 
 
444 aa  286  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2168  outer membrane efflux protein  33.86 
 
 
459 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.280294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.21 
 
 
470 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  28.8 
 
 
451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0993  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.5 
 
 
475 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2411  outer membrane efflux protein  28.77 
 
 
458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562073  normal  0.134585 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.74 
 
 
442 aa  94  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3710  outer membrane efflux protein  26.14 
 
 
564 aa  93.2  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.94 
 
 
455 aa  90.9  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  24.75 
 
 
425 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.61 
 
 
436 aa  87  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  24.74 
 
 
425 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.88 
 
 
452 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.12 
 
 
463 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.85 
 
 
497 aa  85.1  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.73 
 
 
456 aa  84  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.74 
 
 
449 aa  84  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.89 
 
 
497 aa  84  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.47 
 
 
470 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  22.55 
 
 
472 aa  83.2  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.84 
 
 
475 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.31 
 
 
472 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.13 
 
 
518 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.96 
 
 
456 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.67 
 
 
501 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.27 
 
 
457 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.33 
 
 
450 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.88 
 
 
471 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.95 
 
 
472 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.11 
 
 
472 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.64 
 
 
480 aa  79  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  26.54 
 
 
492 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.99 
 
 
452 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.79 
 
 
607 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  27.07 
 
 
462 aa  78.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  22.63 
 
 
469 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.58 
 
 
461 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.37 
 
 
468 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.99 
 
 
452 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.1 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.3 
 
 
658 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.38 
 
 
472 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.25 
 
 
494 aa  77.4  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  24.88 
 
 
438 aa  77.4  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.28 
 
 
488 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.75 
 
 
470 aa  77  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.61 
 
 
473 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.61 
 
 
473 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.28 
 
 
497 aa  76.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.76 
 
 
489 aa  76.6  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.89 
 
 
451 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_003296  RS05071  putative outer membrane efflux transmembrane protein  27.53 
 
 
483 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.485043  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  23 
 
 
457 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.41 
 
 
478 aa  75.9  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  22.71 
 
 
469 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.51 
 
 
455 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.87 
 
 
461 aa  76.6  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.71 
 
 
471 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  21.41 
 
 
437 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.5 
 
 
484 aa  74.7  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.23 
 
 
450 aa  74.7  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.97 
 
 
444 aa  73.9  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.85 
 
 
452 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.53 
 
 
633 aa  73.6  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.96 
 
 
472 aa  73.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  24.35 
 
 
456 aa  72.8  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.78 
 
 
478 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.09 
 
 
441 aa  73.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.95 
 
 
471 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0054  outer membrane efflux protein  26.62 
 
 
520 aa  72  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.906913  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.47 
 
 
471 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.47 
 
 
471 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.76 
 
 
489 aa  71.6  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  27.16 
 
 
493 aa  71.6  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.86 
 
 
477 aa  71.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.61 
 
 
480 aa  71.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.75 
 
 
450 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.88 
 
 
472 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.74 
 
 
488 aa  70.1  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.96 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.23 
 
 
484 aa  69.7  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.07 
 
 
566 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.19 
 
 
636 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.94 
 
 
562 aa  68.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.94 
 
 
464 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  26.18 
 
 
437 aa  68.2  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.64 
 
 
487 aa  68.2  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  23.71 
 
 
419 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.6 
 
 
522 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 
456 aa  66.6  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.36 
 
 
472 aa  66.6  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>