More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0058 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  85.68 
 
 
480 aa  744    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  94.82 
 
 
579 aa  1042    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
579 aa  1144    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  52.85 
 
 
488 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.78 
 
 
484 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.8 
 
 
510 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.53 
 
 
496 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  54.18 
 
 
500 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.08 
 
 
506 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.25 
 
 
501 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.03 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.36 
 
 
483 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.74 
 
 
532 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.15 
 
 
421 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  48.45 
 
 
501 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  44.99 
 
 
511 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.4 
 
 
523 aa  351  3e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.47 
 
 
513 aa  350  3e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.06 
 
 
480 aa  343  5e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.98 
 
 
511 aa  343  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.18 
 
 
503 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.86 
 
 
557 aa  333  5e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.33 
 
 
514 aa  328  2.0000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  42.27 
 
 
504 aa  327  5e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.81 
 
 
551 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  45.36 
 
 
485 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  41.29 
 
 
520 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  41.51 
 
 
518 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.18 
 
 
502 aa  309  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.43 
 
 
487 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.14 
 
 
491 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.72 
 
 
498 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.14 
 
 
491 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  41.88 
 
 
523 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.51 
 
 
505 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.41 
 
 
634 aa  300  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.03 
 
 
495 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.2 
 
 
634 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.87 
 
 
484 aa  299  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.03 
 
 
495 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  43.2 
 
 
634 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.03 
 
 
495 aa  299  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.52 
 
 
478 aa  298  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  43.2 
 
 
574 aa  297  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.83 
 
 
495 aa  296  5e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.83 
 
 
505 aa  294  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.44 
 
 
505 aa  294  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.44 
 
 
505 aa  294  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.42 
 
 
491 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  45.01 
 
 
482 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.89 
 
 
496 aa  286  8e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  42.34 
 
 
494 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  42.13 
 
 
494 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.59 
 
 
521 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.7 
 
 
511 aa  281  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.51 
 
 
536 aa  281  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.85 
 
 
509 aa  280  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.92 
 
 
522 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.92 
 
 
522 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  42.34 
 
 
494 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.8 
 
 
522 aa  279  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.08 
 
 
532 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.94 
 
 
515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.94 
 
 
515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.49 
 
 
515 aa  273  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.22 
 
 
487 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.21 
 
 
511 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.62 
 
 
498 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.5 
 
 
497 aa  266  7e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.05 
 
 
493 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.56 
 
 
535 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.93 
 
 
494 aa  262  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  42.79 
 
 
779 aa  259  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.34 
 
 
488 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  35.81 
 
 
543 aa  253  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.57 
 
 
522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.87 
 
 
488 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
485 aa  243  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.97 
 
 
511 aa  242  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.21 
 
 
506 aa  240  5.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
480 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.31 
 
 
479 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.26 
 
 
504 aa  219  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.4 
 
 
479 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
509 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.74 
 
 
501 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.94 
 
 
518 aa  211  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  33.76 
 
 
508 aa  210  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.17 
 
 
481 aa  210  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
495 aa  210  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.88 
 
 
500 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.92 
 
 
504 aa  207  4e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.87 
 
 
495 aa  207  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.22 
 
 
479 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.07 
 
 
495 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.22 
 
 
489 aa  203  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
547 aa  203  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.78 
 
 
478 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.12 
 
 
496 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.12 
 
 
496 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>