117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0463 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0463  recombinase  100 
 
 		 328 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0846568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3812  recombinase  81.52 
 
 		 523 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3501  recombinase  81.52 
 
 		 523 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4807  recombinase  63.91 
 
 		 519 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0034  recombinase, putative  59.93 
 
 		 518 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0192  recombinase, putative  59.93 
 
 		 518 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1192  putative recombinase  60.73 
 
 		 521 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0189  putative recombinase  60.73 
 
 		 521 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.113456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3109  Recombinase  61.06 
 
 		 497 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.183661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3172  Recombinase  59.41 
 
 		 521 aa  368  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0028  recombinase  58.75 
 
 		 537 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2982  putative recombinase  57.43 
 
 		 521 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0075  recombinase  58.09 
 
 		 521 aa  364  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.243508  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0526  recombinase  56.11 
 
 		 524 aa  347  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2746  recombinase  57.76 
 
 		 528 aa  340  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0770  resolvase family site-specific recombinase  48.36 
 
 		 519 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1402  Recombinase  50 
 
 		 534 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2906  resolvase family site-specific recombinase  46.53 
 
 		 518 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02510  Recombinase  46.2 
 
 		 518 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.602065  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02474  hypothetical protein  46.2 
 
 		 518 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0830  Recombinase  49.34 
 
 		 534 aa  301  1e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2888  recombinase  42.9 
 
 		 518 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.36866  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1466  putative recombinase  44.48 
 
 		 568 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0347  hypothetical protein  68.06 
 
 		 339 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.688314  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0186  recombinase  34.93 
 
 		 559 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673106 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  33.33 
 
 		 336 aa  67  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  35.85 
 
 		 506 aa  66.2  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2143  Recombinase  27.64 
 
 		 504 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0612  recombinase  31.33 
 
 		 656 aa  63.2  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  32.28 
 
 		 523 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  37.5 
 
 		 541 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  32.28 
 
 		 523 aa  61.2  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  34.65 
 
 		 479 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  33.9 
 
 		 549 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  26.09 
 
 		 494 aa  60.1  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  30.65 
 
 		 506 aa  59.7  0.00000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  32.65 
 
 		 485 aa  60.1  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  32.52 
 
 		 522 aa  59.3  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  30.87 
 
 		 546 aa  59.3  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  27.88 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0102  resolvase domain-containing protein  24.75 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218605 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2122  Resolvase domain protein  28.08 
 
 		 547 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00614032  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2537  recombinase  26.09 
 
 		 556 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  34.71 
 
 		 518 aa  57.4  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  26.23 
 
 		 554 aa  56.6  0.0000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  26.23 
 
 		 542 aa  56.2  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  33.33 
 
 		 548 aa  56.2  0.0000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  27.44 
 
 		 516 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  27.44 
 
 		 516 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3310  recombinase family  30.63 
 
 		 501 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.19852  hitchhiker  0.000000416205 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  31.21 
 
 		 563 aa  53.9  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  24.29 
 
 		 535 aa  54.3  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  25.77 
 
 		 475 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  29.93 
 
 		 462 aa  52.8  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  28.44 
 
 		 662 aa  53.1  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  29.3 
 
 		 562 aa  52.8  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  31.58 
 
 		 252 aa  52.8  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  30.28 
 
 		 613 aa  52.8  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  27.96 
 
 		 551 aa  52.8  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  29.51 
 
 		 524 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  30.17 
 
 		 522 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  27.27 
 
 		 537 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  30.81 
 
 		 552 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  25.82 
 
 		 542 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  25.82 
 
 		 542 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  25.82 
 
 		 542 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  36.84 
 
 		 523 aa  50.8  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  30.95 
 
 		 569 aa  50.4  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  31.98 
 
 		 564 aa  50.1  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  31.13 
 
 		 496 aa  50.1  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  30 
 
 		 442 aa  49.7  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1527  Resolvase domain protein  27.11 
 
 		 431 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144014  hitchhiker  0.00000000612209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  30.39 
 
 		 578 aa  49.7  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3138  resolvase  28.98 
 
 		 561 aa  49.7  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.741085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  28.21 
 
 		 539 aa  49.3  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  28.07 
 
 		 504 aa  49.3  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  34.48 
 
 		 485 aa  49.3  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  31.25 
 
 		 510 aa  49.3  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  34.55 
 
 		 523 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  32.18 
 
 		 482 aa  49.3  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  29.38 
 
 		 597 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  27.72 
 
 		 484 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  27.52 
 
 		 522 aa  48.5  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  28.49 
 
 		 584 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  27.72 
 
 		 484 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  29.38 
 
 		 578 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  25.47 
 
 		 515 aa  47.4  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2538  recombinase  31.29 
 
 		 241 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5207  Resolvase domain protein  30.64 
 
 		 598 aa  47  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  28.57 
 
 		 517 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  29.38 
 
 		 601 aa  47  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  28.32 
 
 		 488 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  24.59 
 
 		 517 aa  46.6  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2733  recombinase  29.45 
 
 		 247 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2440  Resolvase domain protein  30 
 
 		 539 aa  46.6  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3285  Recombinase  23.27 
 
 		 554 aa  46.6  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2729  Resolvase domain protein  28.57 
 
 		 535 aa  46.6  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  29.45 
 
 		 558 aa  46.2  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  28.68 
 
 		 665 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2909  recombinase  25.15 
 
 		 465 aa  45.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>