More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1972 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  63.43 
 
 		 549 aa  738    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  61.05 
 
 		 584 aa  712    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  62.02 
 
 		 569 aa  683    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  66.61 
 
 		 578 aa  795    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  63.19 
 
 		 662 aa  695    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  88.56 
 
 		 597 aa  1035    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  100 
 
 		 578 aa  1185    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  60.21 
 
 		 551 aa  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  63.12 
 
 		 552 aa  746    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  100 
 
 		 601 aa  1162    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  52.13 
 
 		 576 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  52.39 
 
 		 565 aa  587  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  51.37 
 
 		 562 aa  568  1e-160  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  50.08 
 
 		 564 aa  553  1e-156  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  53.8 
 
 		 549 aa  537  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  48.12 
 
 		 558 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  40.68 
 
 		 537 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  65.28 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  41.29 
 
 		 558 aa  361  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0834  recombinase  75.35 
 
 		 277 aa  347  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.315619  hitchhiker  0.000339857 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  38.14 
 
 		 541 aa  346  6e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  37.67 
 
 		 540 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  39.07 
 
 		 539 aa  323  6e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  40.2 
 
 		 546 aa  310  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  35.98 
 
 		 542 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  35.61 
 
 		 542 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  64.44 
 
 		 251 aa  293  4e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37130  Recombinase  35.4 
 
 		 520 aa  266  8e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  33.21 
 
 		 564 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  31.2 
 
 		 532 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  27.51 
 
 		 506 aa  171  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  30.42 
 
 		 626 aa  166  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4799  recombinase  29.56 
 
 		 564 aa  160  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284934  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  23.65 
 
 		 546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5404  Recombinase  27.57 
 
 		 738 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  23.71 
 
 		 485 aa  127  7e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  24.52 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  25.79 
 
 		 496 aa  125  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  23.25 
 
 		 479 aa  124  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  24.62 
 
 		 542 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  24.62 
 
 		 542 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  24.43 
 
 		 542 aa  120  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  24.03 
 
 		 462 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  24.53 
 
 		 515 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  26.49 
 
 		 510 aa  117  6e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1112  hypothetical protein  64.52 
 
 		 170 aa  116  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  25.27 
 
 		 487 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  23.18 
 
 		 521 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  24.62 
 
 		 542 aa  110  5e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1541  recombinase  34.51 
 
 		 414 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.343961  normal  0.0432678 
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  24.81 
 
 		 554 aa  110  6e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1345  recombinase  24.84 
 
 		 515 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.667193 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  24.43 
 
 		 548 aa  108  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  24.82 
 
 		 515 aa  107  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  24.49 
 
 		 522 aa  106  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  22.03 
 
 		 517 aa  106  9e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  27.08 
 
 		 482 aa  105  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  23.89 
 
 		 484 aa  104  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  24.52 
 
 		 484 aa  103  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  24.23 
 
 		 515 aa  103  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  24.23 
 
 		 488 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  26.49 
 
 		 707 aa  99  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  23.36 
 
 		 563 aa  99  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  24.48 
 
 		 511 aa  98.6  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  25.28 
 
 		 519 aa  97.4  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  24.84 
 
 		 561 aa  97.1  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  26.26 
 
 		 415 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0979  Resolvase domain  23.99 
 
 		 678 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127172 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  23.8 
 
 		 547 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2604  resolvase family site-specific recombinase  22.2 
 
 		 552 aa  95.1  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0107725  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  26.37 
 
 		 539 aa  94.4  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  24.36 
 
 		 862 aa  94  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  26.43 
 
 		 516 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  24.02 
 
 		 522 aa  92  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  26.43 
 
 		 516 aa  91.7  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  23.01 
 
 		 606 aa  90.9  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  23.01 
 
 		 606 aa  90.9  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  24.95 
 
 		 515 aa  90.1  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  24.58 
 
 		 442 aa  89.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  22.96 
 
 		 522 aa  89  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5207  Resolvase domain protein  24.14 
 
 		 598 aa  88.2  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  22.78 
 
 		 553 aa  88.2  4e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  26.46 
 
 		 504 aa  87.4  7e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  27.19 
 
 		 526 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2729  Resolvase domain protein  25.22 
 
 		 535 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3580  hypothetical protein  44.72 
 
 		 142 aa  86.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2714  putative cassette chromosome recombinase resolvase, CcrB like  24.82 
 
 		 641 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0173703  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  28.79 
 
 		 465 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7321  putative resolvase  24.19 
 
 		 518 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.988127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  25.94 
 
 		 540 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5403  Resolvase domain  29.37 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0521163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  24.5 
 
 		 517 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1738  Resolvase domain  26.36 
 
 		 505 aa  84.7  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204025 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  23.58 
 
 		 521 aa  84.3  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3389  hypothetical protein  29.07 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  23.28 
 
 		 518 aa  84.3  0.000000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  26.37 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2236  Recombinase  26.37 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237941 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  29.39 
 
 		 252 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  21.59 
 
 		 519 aa  83.2  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>