117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0186 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0186  recombinase  100 
 
 		 559 aa  1149    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0034  recombinase, putative  40.77 
 
 		 518 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0192  recombinase, putative  40.77 
 
 		 518 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2982  putative recombinase  41.67 
 
 		 521 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4807  recombinase  42.2 
 
 		 519 aa  286  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0028  recombinase  40.95 
 
 		 537 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0075  recombinase  41.23 
 
 		 521 aa  281  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.243508  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3109  Recombinase  40.96 
 
 		 497 aa  279  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.183661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3172  Recombinase  40.83 
 
 		 521 aa  278  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0526  recombinase  39.94 
 
 		 524 aa  275  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1192  putative recombinase  39.84 
 
 		 521 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0189  putative recombinase  39.84 
 
 		 521 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.113456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1466  putative recombinase  41.69 
 
 		 568 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2746  recombinase  40 
 
 		 528 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2906  resolvase family site-specific recombinase  36.66 
 
 		 518 aa  250  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02510  Recombinase  36.66 
 
 		 518 aa  250  6e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.602065  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02474  hypothetical protein  36.66 
 
 		 518 aa  250  6e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3501  recombinase  37.57 
 
 		 523 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3812  recombinase  37.57 
 
 		 523 aa  249  9e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0770  resolvase family site-specific recombinase  35.61 
 
 		 519 aa  246  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2888  recombinase  36.22 
 
 		 518 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.36866  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0347  hypothetical protein  41.67 
 
 		 339 aa  207  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.688314  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0830  Recombinase  32.32 
 
 		 534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1402  Recombinase  32.88 
 
 		 534 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0463  recombinase  34.93 
 
 		 328 aa  128  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0846568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0607  resolvase domain-containing protein  60.67 
 
 		 157 aa  120  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  26.23 
 
 		 517 aa  80.1  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  26.2 
 
 		 494 aa  80.1  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  29.27 
 
 		 546 aa  75.5  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  29.67 
 
 		 569 aa  75.1  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  25 
 
 		 540 aa  74.3  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  24.73 
 
 		 487 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  26.41 
 
 		 511 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  28.08 
 
 		 542 aa  69.7  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  28.08 
 
 		 554 aa  70.1  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  27.09 
 
 		 584 aa  69.3  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  26.59 
 
 		 665 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2851  resolvase domain-containing protein  25.46 
 
 		 565 aa  68.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.437901 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  24.9 
 
 		 510 aa  67.8  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  26.06 
 
 		 506 aa  67.4  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  25.76 
 
 		 551 aa  67.4  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  28.73 
 
 		 578 aa  67  0.0000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  28 
 
 		 552 aa  66.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  25.76 
 
 		 485 aa  65.5  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  26.78 
 
 		 662 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  26.32 
 
 		 515 aa  64.3  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  27.78 
 
 		 548 aa  63.9  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0612  recombinase  26.25 
 
 		 656 aa  63.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  24.65 
 
 		 558 aa  62.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4182  resolvase domain-containing protein  23.33 
 
 		 579 aa  61.6  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  29.28 
 
 		 563 aa  60.8  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  24.73 
 
 		 551 aa  60.1  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  27.44 
 
 		 597 aa  59.3  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3384  resolvase domain-containing protein  22.64 
 
 		 590 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  28.2 
 
 		 549 aa  59.3  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  24.52 
 
 		 484 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  25.64 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  25.93 
 
 		 521 aa  57.4  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  24.52 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  27.44 
 
 		 601 aa  57.4  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  24.44 
 
 		 561 aa  57.4  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  27.44 
 
 		 578 aa  57  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  26.53 
 
 		 565 aa  57  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0097  resolvase domain-containing protein  34.65 
 
 		 211 aa  56.2  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.371309  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  26.89 
 
 		 562 aa  56.6  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  23.66 
 
 		 488 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5555  integrase  24.42 
 
 		 272 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14894e-26 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  36.36 
 
 		 862 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  24.52 
 
 		 547 aa  54.3  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  26.15 
 
 		 540 aa  54.3  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  27.27 
 
 		 586 aa  53.9  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0974  Resolvase domain protein  26.67 
 
 		 513 aa  53.9  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4097  Recombinase  26.75 
 
 		 575 aa  53.5  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.667971  normal  0.110676 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4607  DNA recombinase, putative  22.9 
 
 		 526 aa  53.5  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.17167  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  25.88 
 
 		 504 aa  53.5  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4586  DNA recombinase, putative  22.9 
 
 		 532 aa  53.5  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  30.72 
 
 		 540 aa  52.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4193  Resolvase domain  24 
 
 		 555 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  23.03 
 
 		 546 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2122  Resolvase domain protein  22.78 
 
 		 547 aa  52.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00614032  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  21.27 
 
 		 475 aa  51.6  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  27.51 
 
 		 613 aa  52  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08120  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  30 
 
 		 274 aa  51.6  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.012035  normal  0.202082 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  24.46 
 
 		 539 aa  50.4  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2975  hypothetical protein  29.83 
 
 		 645 aa  49.7  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  23.21 
 
 		 524 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3285  Recombinase  24.08 
 
 		 554 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  29.38 
 
 		 496 aa  48.9  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  25.42 
 
 		 549 aa  48.9  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2222  putative site-specific recombinase, resolvase family  24.18 
 
 		 261 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.61199e-51 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4607  resolvase-like protein  27.94 
 
 		 476 aa  48.5  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.435176  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2143  Recombinase  21.55 
 
 		 504 aa  48.9  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1967  resolvase domain-containing protein  38.46 
 
 		 252 aa  48.1  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  25.54 
 
 		 558 aa  47.8  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1941  putative site-specific recombinase, resolvase family  24.26 
 
 		 261 aa  47.8  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.292978  normal  0.0530197 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  24.43 
 
 		 252 aa  47.8  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0190  Resolvase domain protein  22.7 
 
 		 537 aa  47.4  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1994  resolvase  24.91 
 
 		 261 aa  47  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.854383  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  23 
 
 		 515 aa  46.6  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  23.23 
 
 		 485 aa  46.2  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>