More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0106 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  64.08 
 
 		 584 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  68.08 
 
 		 549 aa  738    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  68.59 
 
 		 578 aa  805    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  64.14 
 
 		 662 aa  701    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  64.39 
 
 		 551 aa  701    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  100 
 
 		 597 aa  1223    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  60.56 
 
 		 569 aa  704    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  88.56 
 
 		 578 aa  1035    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  66.48 
 
 		 552 aa  726    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  88.29 
 
 		 601 aa  1039    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  56.12 
 
 		 576 aa  598  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  52.67 
 
 		 565 aa  543  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  53.15 
 
 		 564 aa  535  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  52.09 
 
 		 562 aa  530  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  52 
 
 		 549 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  50.39 
 
 		 558 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  43.88 
 
 		 537 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  64.58 
 
 		 336 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  38.43 
 
 		 541 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  40.53 
 
 		 558 aa  355  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0834  recombinase  77.21 
 
 		 277 aa  352  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.315619  hitchhiker  0.000339857 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  37.43 
 
 		 540 aa  335  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  38.76 
 
 		 539 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  38.9 
 
 		 542 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  37.63 
 
 		 542 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  40.28 
 
 		 546 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  63.39 
 
 		 251 aa  288  2.9999999999999996e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37130  Recombinase  36.49 
 
 		 520 aa  273  8.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  33.21 
 
 		 564 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  31.23 
 
 		 532 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  29.93 
 
 		 626 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4799  recombinase  30.51 
 
 		 564 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284934  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  27.09 
 
 		 506 aa  156  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  25.95 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  24.47 
 
 		 546 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  24.81 
 
 		 494 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  24.95 
 
 		 462 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5404  Recombinase  27.3 
 
 		 738 aa  126  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  28.37 
 
 		 496 aa  126  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  25.33 
 
 		 479 aa  123  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  25.12 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  23.71 
 
 		 521 aa  118  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1112  hypothetical protein  63.44 
 
 		 170 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1541  recombinase  34.96 
 
 		 414 aa  114  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.343961  normal  0.0432678 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.16 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  22.6 
 
 		 517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  25.1 
 
 		 548 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  25.25 
 
 		 510 aa  112  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  28.7 
 
 		 482 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  24.53 
 
 		 522 aa  110  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  24.32 
 
 		 542 aa  110  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  24.32 
 
 		 542 aa  110  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  24.11 
 
 		 542 aa  108  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  25.26 
 
 		 554 aa  108  4e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1345  recombinase  25.35 
 
 		 515 aa  107  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.667193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0979  Resolvase domain  25.05 
 
 		 678 aa  107  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127172 
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  25.43 
 
 		 542 aa  107  7e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  27.36 
 
 		 515 aa  104  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  26.17 
 
 		 515 aa  103  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  25.29 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  26.48 
 
 		 862 aa  100  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  27.31 
 
 		 707 aa  100  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  24.25 
 
 		 484 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  24.87 
 
 		 511 aa  99  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  24.25 
 
 		 484 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  25 
 
 		 519 aa  97.4  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  25.74 
 
 		 515 aa  97.1  9e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  23.71 
 
 		 488 aa  96.7  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  24.32 
 
 		 606 aa  95.1  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  24.32 
 
 		 606 aa  95.1  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3580  hypothetical protein  46.77 
 
 		 142 aa  92.4  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2604  resolvase family site-specific recombinase  23.85 
 
 		 552 aa  92.4  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0107725  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  25.46 
 
 		 539 aa  91.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  24.94 
 
 		 442 aa  91.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5403  Resolvase domain  28.87 
 
 		 279 aa  91.3  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0521163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  26.54 
 
 		 516 aa  90.9  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  26.21 
 
 		 516 aa  90.1  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  23.65 
 
 		 563 aa  90.1  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  23.4 
 
 		 522 aa  89.4  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  30.49 
 
 		 252 aa  89.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  26.62 
 
 		 465 aa  89.4  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  25.99 
 
 		 540 aa  88.6  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3389  hypothetical protein  28.76 
 
 		 297 aa  87.4  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  24.08 
 
 		 547 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  25.89 
 
 		 561 aa  86.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  22.84 
 
 		 522 aa  86.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  28.4 
 
 		 526 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  23.44 
 
 		 553 aa  85.9  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2440  Resolvase domain protein  24.13 
 
 		 500 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0891  putative site-specific integrase/recombinase protein  27.25 
 
 		 460 aa  84.7  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2236  Recombinase  27.99 
 
 		 430 aa  84.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237941 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1449  resolvase-like protein  31.18 
 
 		 522 aa  84.3  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  24.55 
 
 		 517 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2729  Resolvase domain protein  24.93 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  23.08 
 
 		 534 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  25.69 
 
 		 475 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  26.13 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2537  recombinase  23.68 
 
 		 556 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  22.74 
 
 		 519 aa  82  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1738  Resolvase domain  25.5 
 
 		 505 aa  81.3  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>