More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3123 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  67.15 
 
 		 569 aa  771    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  77.21 
 
 		 662 aa  881    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  66.78 
 
 		 584 aa  787    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  61.2 
 
 		 578 aa  691    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  79.17 
 
 		 551 aa  927    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  66.48 
 
 		 597 aa  726    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  56.32 
 
 		 549 aa  639    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  63.12 
 
 		 578 aa  746    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  100 
 
 		 552 aa  1130    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  66.67 
 
 		 601 aa  733    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  54.04 
 
 		 576 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  51.15 
 
 		 562 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  51.06 
 
 		 565 aa  546  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  50.54 
 
 		 558 aa  514  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  49.03 
 
 		 564 aa  512  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  50.09 
 
 		 549 aa  499  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  42.83 
 
 		 537 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  62.98 
 
 		 336 aa  377  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  38.02 
 
 		 541 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  40.08 
 
 		 558 aa  356  5e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  35.73 
 
 		 540 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0834  recombinase  70.23 
 
 		 277 aa  324  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.315619  hitchhiker  0.000339857 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  38.2 
 
 		 539 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  35.55 
 
 		 542 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  65.62 
 
 		 251 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  40.24 
 
 		 546 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  35.5 
 
 		 542 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  34.76 
 
 		 564 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37130  Recombinase  39.37 
 
 		 520 aa  270  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  31.68 
 
 		 532 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3282  hypothetical protein  94.25 
 
 		 116 aa  166  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0148285 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  29.14 
 
 		 626 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4799  recombinase  30.73 
 
 		 564 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284934  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  25.48 
 
 		 506 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5404  Recombinase  25.9 
 
 		 738 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  25.61 
 
 		 479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  26.29 
 
 		 515 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  26.28 
 
 		 496 aa  133  6.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  26.25 
 
 		 494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  25.05 
 
 		 546 aa  126  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  25.34 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1112  hypothetical protein  67.74 
 
 		 170 aa  124  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  25.49 
 
 		 485 aa  124  6e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1345  recombinase  27.7 
 
 		 515 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.667193 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  27.91 
 
 		 515 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  24.45 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  26.17 
 
 		 542 aa  113  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  26.17 
 
 		 542 aa  113  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  25.74 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  25.34 
 
 		 517 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  25.91 
 
 		 542 aa  112  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  24.68 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  25.62 
 
 		 415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.26 
 
 		 487 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0979  Resolvase domain  24.72 
 
 		 678 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127172 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  22.77 
 
 		 484 aa  107  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  22.96 
 
 		 484 aa  107  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  25.35 
 
 		 563 aa  107  7e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  22.12 
 
 		 488 aa  106  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1541  recombinase  32.93 
 
 		 414 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.343961  normal  0.0432678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0980  Resolvase domain  26.42 
 
 		 707 aa  105  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0578275 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  26.55 
 
 		 482 aa  103  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  23.4 
 
 		 606 aa  100  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  23.4 
 
 		 606 aa  100  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  25.38 
 
 		 522 aa  99.8  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  24.62 
 
 		 548 aa  99.4  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  25.47 
 
 		 515 aa  98.6  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  25.32 
 
 		 515 aa  98.6  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  28.14 
 
 		 707 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  22.89 
 
 		 542 aa  97.8  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  23.98 
 
 		 554 aa  96.7  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  25.36 
 
 		 547 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  24.4 
 
 		 511 aa  95.1  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  25.69 
 
 		 522 aa  95.1  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2604  resolvase family site-specific recombinase  21.77 
 
 		 552 aa  94.7  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0107725  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  24.12 
 
 		 553 aa  93.2  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  25.48 
 
 		 516 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  22.56 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  25.96 
 
 		 516 aa  91.7  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  26.49 
 
 		 539 aa  91.3  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  24.38 
 
 		 517 aa  90.5  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4193  Resolvase domain  26.96 
 
 		 555 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  26.68 
 
 		 561 aa  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  24.59 
 
 		 519 aa  88.6  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  25.23 
 
 		 504 aa  88.6  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  24.02 
 
 		 524 aa  87.8  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  25.34 
 
 		 521 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0876  TnpX site-specific recombinase family protein  24.08 
 
 		 550 aa  86.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5403  Resolvase domain  28.46 
 
 		 279 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0521163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2714  putative cassette chromosome recombinase resolvase, CcrB like  25 
 
 		 641 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0173703  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  23.98 
 
 		 519 aa  86.3  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  25.26 
 
 		 862 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7321  putative resolvase  25.24 
 
 		 518 aa  84.7  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.988127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  29.01 
 
 		 465 aa  84.3  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  24.75 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2731  Resolvase domain protein  25.65 
 
 		 526 aa  83.6  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  24.02 
 
 		 475 aa  83.6  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  27.95 
 
 		 526 aa  83.6  0.000000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  24.34 
 
 		 534 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1449  resolvase-like protein  29.97 
 
 		 522 aa  83.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>