190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0192 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0034  recombinase, putative  100 
 
 		 518 aa  1079    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0192  recombinase, putative  100 
 
 		 518 aa  1079    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2982  putative recombinase  58.65 
 
 		 521 aa  618  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3109  Recombinase  58.35 
 
 		 497 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.183661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0526  recombinase  56.41 
 
 		 524 aa  605  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1192  putative recombinase  58.42 
 
 		 521 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0189  putative recombinase  58.42 
 
 		 521 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.113456 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3812  recombinase  55.8 
 
 		 523 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3501  recombinase  55.8 
 
 		 523 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0028  recombinase  56.6 
 
 		 537 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0075  recombinase  56.8 
 
 		 521 aa  587  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.243508  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3172  Recombinase  55.85 
 
 		 521 aa  584  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4807  recombinase  56.26 
 
 		 519 aa  583  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2746  recombinase  53.02 
 
 		 528 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02510  Recombinase  46.63 
 
 		 518 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.602065  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02474  hypothetical protein  46.63 
 
 		 518 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2906  resolvase family site-specific recombinase  46.83 
 
 		 518 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0770  resolvase family site-specific recombinase  46.05 
 
 		 519 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2888  recombinase  47.66 
 
 		 518 aa  456  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.36866  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0830  Recombinase  44.75 
 
 		 534 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1402  Recombinase  43.79 
 
 		 534 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1466  putative recombinase  46.32 
 
 		 568 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0463  recombinase  59.93 
 
 		 328 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0846568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0347  hypothetical protein  63.67 
 
 		 339 aa  341  2e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.688314  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0186  recombinase  40.77 
 
 		 559 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673106 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0607  resolvase domain-containing protein  61.29 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  30.57 
 
 		 506 aa  106  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  26.75 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  26.75 
 
 		 542 aa  101  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  29.15 
 
 		 548 aa  100  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  28.21 
 
 		 494 aa  99.4  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  26.62 
 
 		 517 aa  95.5  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  28.98 
 
 		 563 aa  94.7  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  28.45 
 
 		 541 aa  93.6  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  30.24 
 
 		 562 aa  89.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  23.68 
 
 		 510 aa  89  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  27.83 
 
 		 523 aa  87.4  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2122  Resolvase domain protein  27.03 
 
 		 547 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00614032  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  26.85 
 
 		 522 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  28.45 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  28.9 
 
 		 496 aa  82.4  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  26.69 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  29.81 
 
 		 564 aa  80.9  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  29.21 
 
 		 565 aa  80.9  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  28.53 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0102  resolvase domain-containing protein  25.59 
 
 		 537 aa  80.5  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218605 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  26.69 
 
 		 485 aa  80.5  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  26.61 
 
 		 523 aa  80.5  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  28.75 
 
 		 549 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  27.33 
 
 		 521 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  28.52 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  28.98 
 
 		 558 aa  77  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  26.37 
 
 		 487 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  26.53 
 
 		 546 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  28.42 
 
 		 569 aa  76.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  27.39 
 
 		 522 aa  75.5  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  27.03 
 
 		 462 aa  74.7  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  27.3 
 
 		 542 aa  74.3  0.000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3138  resolvase  26.27 
 
 		 561 aa  74.3  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.741085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  27.3 
 
 		 542 aa  74.7  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  27.3 
 
 		 542 aa  74.7  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  27.15 
 
 		 597 aa  73.9  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  25.86 
 
 		 523 aa  73.6  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  28.57 
 
 		 576 aa  72.8  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  25.93 
 
 		 523 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  26.47 
 
 		 482 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  27.47 
 
 		 506 aa  71.6  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  26.6 
 
 		 518 aa  71.2  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  27.4 
 
 		 549 aa  71.2  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2432  resolvase domain-containing protein  28.17 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0183379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  27.6 
 
 		 546 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  25.95 
 
 		 534 aa  70.9  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  23.95 
 
 		 252 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0612  recombinase  24.71 
 
 		 656 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  23.69 
 
 		 539 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  25.99 
 
 		 613 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  27.76 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  27.63 
 
 		 511 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  25.08 
 
 		 485 aa  68.2  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  26.98 
 
 		 515 aa  68.2  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  25.32 
 
 		 539 aa  67  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  26.39 
 
 		 662 aa  67  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  24.66 
 
 		 479 aa  66.6  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1527  Resolvase domain protein  27.72 
 
 		 431 aa  66.6  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144014  hitchhiker  0.00000000612209 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  26.97 
 
 		 665 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5207  Resolvase domain protein  26.34 
 
 		 598 aa  66.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0974  Resolvase domain protein  28.04 
 
 		 513 aa  66.2  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  26.12 
 
 		 551 aa  66.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2731  Resolvase domain protein  28.32 
 
 		 526 aa  65.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  25.55 
 
 		 547 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  26.37 
 
 		 553 aa  65.5  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  25.32 
 
 		 546 aa  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  26.39 
 
 		 578 aa  65.1  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  28 
 
 		 542 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  24.09 
 
 		 515 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  26.46 
 
 		 552 aa  64.7  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  26.39 
 
 		 601 aa  64.7  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  28.51 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  26.37 
 
 		 519 aa  64.3  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  25.36 
 
 		 526 aa  64.3  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>