145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0843 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0843  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 324 aa  641    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1431  MscS mechanosensitive ion channel  61.99 
 
 		 331 aa  424  1e-118  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.23778  normal  0.0751617 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0543  MscS mechanosensitive ion channel  59.75 
 
 		 325 aa  401  1e-111  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.979226  hitchhiker  0.000989319 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0599  MscS mechanosensitive ion channel  61.2 
 
 		 329 aa  385  1e-106  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.316898 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1616  MscS Mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0820  MscS mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.206414  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0583  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.330876  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1868  MscS mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.016282  normal  0.587494 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  31.19 
 
 		 256 aa  68.2  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3252  MscS Mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.853491  normal  0.190281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 274 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.22 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 		 292 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 		 292 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  33.76 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 288 aa  52.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  25.28 
 
 		 279 aa  52.8  0.000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  25.97 
 
 		 369 aa  52.8  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  28.77 
 
 		 288 aa  52.8  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  28.64 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  25.09 
 
 		 270 aa  51.6  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5057  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  34.15 
 
 		 238 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.755901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 		 360 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  25.66 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 289 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 401 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 		 359 aa  50.4  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.49 
 
 		 383 aa  50.4  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 492 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 321 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 321 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 		 360 aa  50.1  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 451 aa  50.1  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 		 383 aa  49.7  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  29.77 
 
 		 291 aa  49.3  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  26.45 
 
 		 422 aa  49.3  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 		 345 aa  49.3  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 401 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 813 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  30.53 
 
 		 444 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 		 274 aa  48.9  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  31.33 
 
 		 288 aa  48.9  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  27.4 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  28.32 
 
 		 267 aa  48.9  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  27.81 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  25.77 
 
 		 794 aa  48.1  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  24.91 
 
 		 1118 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2331  MscS Mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.412123  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  27.57 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 		 288 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1897  small-conductance mechanosensitive channel-like  28.14 
 
 		 233 aa  47.4  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.93 
 
 		 275 aa  47.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  24.54 
 
 		 1118 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 275 aa  47  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 348 aa  47  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000167428  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  31.25 
 
 		 286 aa  47.4  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 302 aa  47  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  29.5 
 
 		 275 aa  46.6  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 270 aa  46.6  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 306 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 275 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 275 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  28.3 
 
 		 294 aa  46.2  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 479 aa  46.2  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  28.12 
 
 		 271 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  28.12 
 
 		 271 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 282 aa  46.2  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 266 aa  46.2  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 275 aa  46.2  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 267 aa  46.2  0.0008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 		 279 aa  45.8  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  23.72 
 
 		 891 aa  45.8  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  25.47 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  24.21 
 
 		 338 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  29.14 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  22.75 
 
 		 356 aa  45.4  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  27.13 
 
 		 262 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  23.72 
 
 		 785 aa  45.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  28.72 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  30.06 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1066  MscS Mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 261 aa  45.1  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  24.43 
 
 		 378 aa  44.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 275 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 275 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  48 
 
 		 380 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  27.95 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 484 aa  45.1  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 275 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  31.06 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 429 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0104  MscS mechanosensitive ion channel  23.7 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00989653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>