More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1220 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
305 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  68.4 
 
 
306 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  71.27 
 
 
269 aa  394  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  42.74 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  42.63 
 
 
292 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  42.63 
 
 
292 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  43.85 
 
 
284 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 
289 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  42.92 
 
 
321 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  42.92 
 
 
321 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  43.67 
 
 
288 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  42.17 
 
 
294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  39.67 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  38.98 
 
 
269 aa  155  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  34.71 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  39 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.33 
 
 
275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 
270 aa  145  8.000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 
298 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 
288 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.98 
 
 
277 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  32.66 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 
276 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 
270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 
322 aa  139  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  29.79 
 
 
280 aa  139  6e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  37.23 
 
 
281 aa  139  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 
274 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  36.67 
 
 
275 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  37.84 
 
 
276 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.74 
 
 
268 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  39.33 
 
 
276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  33.47 
 
 
288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  37.5 
 
 
288 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  33.06 
 
 
287 aa  136  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 
275 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 
292 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  33.61 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  35.86 
 
 
278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  31.45 
 
 
274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  32.5 
 
 
277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  38.99 
 
 
297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  32.82 
 
 
286 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 
277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  32.17 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  32.43 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
275 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  34.19 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 
274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 
274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  36.13 
 
 
283 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  28.21 
 
 
275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.83 
 
 
289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 
327 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 
283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.83 
 
 
289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  35.83 
 
 
289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 
275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  32.75 
 
 
274 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  32.52 
 
 
291 aa  128  9.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  32.94 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  34.8 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  34.8 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  33.33 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  34.02 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.15 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  34.8 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  34.8 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  34.8 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  39.77 
 
 
283 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 
277 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1010  MscS Mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 
292 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.877455 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 
273 aa  125  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  32.97 
 
 
271 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 
305 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  32.97 
 
 
271 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  39.77 
 
 
288 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 
285 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 
285 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 
285 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  40.94 
 
 
284 aa  122  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  32.38 
 
 
275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 
285 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 
268 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>