154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2652 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2652  hydratase/decarboxylase  100 
 
 		 261 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2159  hydratase/decarboxylase  99.23 
 
 		 261 aa  523  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3153  hydratase/decarboxylase  91.95 
 
 		 261 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3592  hydratase/decarboxylase  48.13 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.148442  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5513  putative hydratase/decarboxylase  31.82 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.560438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0175  putative hydratase/decarboxylase  29.82 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3024  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  31.82 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.332921 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6932  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  29.88 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.228017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1543  hydratase/decarboxylase family protein  29.18 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.112303  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1455  hydratase/decarboxylase family protein  29.18 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.44965  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0105  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  29 
 
 		 265 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5380  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  29.31 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.506501  normal  0.128473 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0042  hydratase/decarboxylase family protein  29.18 
 
 		 366 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1441  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  28.88 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6387  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  28.88 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3399  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  30.6 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4255  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.85 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5715  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  28.45 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.480508 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  29.76 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2148  putative hydratase/decarboxylase  27.2 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  23.31 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7051  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  28.45 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6957  Hydratase/decarboxylase  28.33 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.65 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6468  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  28.51 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0110  2-oxopent-4-enoate hydratase  29.67 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00322536  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.3 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1322  hydratase/decarboxylase family protein  28.38 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.831556  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.65 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.65 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.8 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0912  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.89 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.704461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.89 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.38 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1182  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  27.4 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0623  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.7 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.53 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.24 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.06 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6716  hypothetical protein  30.64 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.57 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  31.25 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  22.69 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.87 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15110  2-keto-4-pentenoate hydratase  29.63 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.473426  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8638  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  26.03 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.423963  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  26.89 
 
 		 263 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.33 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  28.71 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4537  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.9 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.87 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  28.11 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2327  putative 2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase(MhpD)  30.41 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1231  putative hydratase/decarboxylase  24.65 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.2162  normal  0.357566 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.3 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.04 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  29.32 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  29.11 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.38 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2890  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.54 
 
 		 262 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.64 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  29.32 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.35 
 
 		 269 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  28.35 
 
 		 269 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.8 
 
 		 269 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.8 
 
 		 269 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.17 
 
 		 265 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2003  putative hydratase/decarboxylase  27.15 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.88 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5795  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  25.61 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.04 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.87 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.87 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2779  hydratase/decarboxylase  29.46 
 
 		 273 aa  52.4  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.8 
 
 		 269 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.58 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1476  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.05 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08670  4-oxo-4-pentenoate hydratase, XylJ  32.86 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  29.67 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.76 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.32 
 
 		 261 aa  50.4  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.29 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3457  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.18 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.05 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  28.38 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.48 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1911  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  25.86 
 
 		 256 aa  50.4  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123637 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  30.95 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.18 
 
 		 274 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.82 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  30 
 
 		 259 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.46 
 
 		 280 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  29.9 
 
 		 265 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0224  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.51 
 
 		 264 aa  49.3  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0261621  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0971  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.38 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0126306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.22 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  24.61 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  24.61 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5137  hydratase/decarboxylase  25.55 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.838757  normal  0.0331511 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4284  hydratase/decarboxylase  28.7 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>