253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2890 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2890  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 		 262 aa  527  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3548  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (CmtF)  83.21 
 
 		 262 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.107167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0272  4-oxalocrotonate decarboxylase  64.37 
 
 		 262 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  63.5 
 
 		 274 aa  316  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  60.98 
 
 		 273 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2327  putative 2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase(MhpD)  63.5 
 
 		 268 aa  305  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4537  4-oxalocrotonate decarboxylase  62.21 
 
 		 262 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  60.16 
 
 		 274 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  65.47 
 
 		 263 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  61.73 
 
 		 262 aa  289  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2011  4-oxalocrotonate decarboxylase  60.78 
 
 		 260 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  59.53 
 
 		 273 aa  285  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  58.98 
 
 		 288 aa  282  3.0000000000000004e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  59.61 
 
 		 265 aa  281  8.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  59.11 
 
 		 265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  56.59 
 
 		 264 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  58.43 
 
 		 263 aa  266  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  56.35 
 
 		 264 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  54.3 
 
 		 263 aa  262  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  53.54 
 
 		 269 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15110  2-keto-4-pentenoate hydratase  56.78 
 
 		 264 aa  257  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.473426  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.41 
 
 		 269 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2875  4-oxalocrotonate decarboxylase  54.51 
 
 		 268 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.41 
 
 		 269 aa  251  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.01 
 
 		 269 aa  249  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5220  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.17 
 
 		 264 aa  249  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.41 
 
 		 269 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.41 
 
 		 269 aa  249  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.01 
 
 		 269 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  53.01 
 
 		 269 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  54.51 
 
 		 265 aa  246  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  55.42 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  53.53 
 
 		 269 aa  244  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  51.98 
 
 		 277 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  56.76 
 
 		 264 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  50.41 
 
 		 264 aa  232  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.19 
 
 		 268 aa  231  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  55.11 
 
 		 261 aa  230  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.8 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.8 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2151  4-oxalocrotonate decarboxylase  48.43 
 
 		 271 aa  229  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  53.36 
 
 		 280 aa  228  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  50 
 
 		 269 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  51.02 
 
 		 270 aa  224  8e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2779  hydratase/decarboxylase  50.97 
 
 		 273 aa  222  6e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4393  hydratase/decarboxylase  51.19 
 
 		 283 aa  221  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  45.66 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  50.98 
 
 		 260 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  45.7 
 
 		 267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  49.56 
 
 		 260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.2 
 
 		 259 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  44.31 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  47.75 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1651  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.1 
 
 		 275 aa  202  5e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.452701  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  43.92 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  46.64 
 
 		 264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  45.5 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  42.59 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  46.19 
 
 		 265 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  44.4 
 
 		 267 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  40.24 
 
 		 260 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  40.24 
 
 		 260 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.63 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  44.14 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  46.85 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.43 
 
 		 261 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  43.24 
 
 		 260 aa  185  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2961  4-oxalocrotonate decarboxylase  44.14 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.665549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.5 
 
 		 260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.84 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.95 
 
 		 260 aa  182  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  40 
 
 		 271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.22 
 
 		 260 aa  178  8e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  44.59 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1459  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.63 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  43.98 
 
 		 263 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  38.75 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.29 
 
 		 262 aa  171  7.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.45 
 
 		 261 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.45 
 
 		 261 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.45 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2155  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase, putative  40.39 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  42.37 
 
 		 263 aa  170  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5236  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.45 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1520  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.85 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.09 
 
 		 257 aa  169  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.64 
 
 		 276 aa  168  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0224  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.18 
 
 		 264 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0261621  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.5 
 
 		 262 aa  162  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4209  4-oxalocrotonate decarboxylase  41 
 
 		 264 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  39.66 
 
 		 266 aa  158  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  38.17 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.238552  normal  0.686193 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3798  2-oxopent-4-enoate hydratase  43.5 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.138107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.94 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20020  2-oxohept-3-enedioate hydratase  39.15 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2405  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.95 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.96 
 
 		 279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08670  4-oxo-4-pentenoate hydratase, XylJ  43.39 
 
 		 261 aa  152  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2039  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.68 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.8 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>